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使用gromacs模拟短直链淀粉和酚酸，结果淀粉链断开，该如何调整参数attach_img 分子模拟 (Molecular Modeling) ztymeow 2025-8-6 4154 ztymeow 2025-8-7 08:56
top文件与gro/pdb结构文件顺序对照问题attach_img 分子模拟 (Molecular Modeling) Wxh18130507355 2025-8-6 2159 Wxh18130507355 2025-8-7 11:38
PACKMOL读取pdb文件时报错“无法读取原子”，如何解决attachment 量子化学 (Quantum Chemistry) Yiolet 2025-8-6 453 Yiolet 2025-8-7 12:43
求助：请问CP2K计算差分电荷密度后如何得到电荷转移数 第一性原理 (First-principles) Lisy 2025-8-6 1112 sobereva 2025-8-6 12:43
使用CP2K计算Al2O3负载Cu，使用Multiwfn计算Cu-O的COHP存有疑问 波函数分析与Multiwfn (Wavefunction Analysis & Multiwfn) kaikai 2025-8-6 4160 kaikai 2025-8-7 09:20
为什么同样的molden文件，Avogadro和multiwfn给出的HOMO轨道不一样attach_img 量子化学 (Quantum Chemistry) Felix1018 2025-8-6 1141 sobereva 2025-8-6 12:46
求助：六水合镉离子在PBE0/def2svp下优化不收敛 量子化学 (Quantum Chemistry) kcnco 2025-8-6 6272 kcnco 2025-8-8 16:20
使用 sobtop 被审稿人问了该怎么回答 分子模拟 (Molecular Modeling) KikuYoung 2025-8-5 2340 KikuYoung 2025-8-6 10:35
lammps反应力场产物统计默认的键级截至值的问题 分子模拟 (Molecular Modeling) ocean6 2025-8-5 0101 ocean6 2025-8-5 20:08
金属表面吸附并且体系加了5个水一个水合氢离子显式溶剂化，需要加NELECT参数吗 第一性原理 (First-principles) cdhhh 2025-8-5 3173 reid 2025-8-8 17:58
有氢键的能量脚本计算没有氢键是怎么回事 分子模拟 (Molecular Modeling) 微塑料 2025-8-5 0101 微塑料 2025-8-5 17:57
sysmoic做图，分子太大，只能显示一部分attach_img 波函数分析与Multiwfn (Wavefunction Analysis & Multiwfn) zhww 2025-8-5 252 zhww 2025-8-8 20:41
蛋白和配体的gmx_MMPBSA跑出来的结合能-220kj/mol是不是异常结果？attach_img  ...2 分子模拟 (Molecular Modeling) rinz 2025-8-5 22396 jackshoulder 2025-8-11 12:57
Castep优化独居石体相，截断能收敛性测试，截断能从300eV增加到400eV，优化失败attach_img 第一性原理 (First-principles) wqq123 2025-8-5 00 wqq123 2025-8-5 16:57
求助，Avogadro2打开orca输出的molden文件读取不了HOMO和 LUMO轨道吗attach_img 量子化学 (Quantum Chemistry) Felix1018 2025-8-5 0101 Felix1018 2025-8-5 16:23
求助：请问VMD里能实现对单个分子的旋转操作吗 分子模拟 (Molecular Modeling) Lisy 2025-8-5 2136 sobereva 2025-8-5 22:30
Distortion-interaction analysis分析出来的deltaE为负值attach_img 量子化学 (Quantum Chemistry) ovovovo 2025-8-5 4143 ovovovo 2025-8-6 12:02
求助电解液体系能量最小化得到的gro文件，VMD观察不到Li+attach_img 分子模拟 (Molecular Modeling) Wxh18130507355 2025-8-5 11199 sobereva 2025-8-7 22:45
如何计算出大于0的结合能，以一篇AM为例attach_img 量子化学 (Quantum Chemistry) ABetaCarw 2025-8-5 13293 ABetaCarw 2025-8-5 19:16
求教石墨电极-电解液界面建模的正确流程attach_img 分子模拟 (Molecular Modeling) liuhao 2025-8-5 0101 liuhao 2025-8-5 13:19
北京师范大学珠海校区胡德平课题组招生 求职招聘 (Recruitment) hdplly 2025-8-5 2263 funok 2025-8-5 18:04
求助：请问本要计算的物质是J聚集形式，但是进行结构优化之后结构就变了 量子化学 (Quantum Chemistry) zhangxinxin 2025-8-5 2152 sobereva 2025-8-5 22:18
如何找到Fe2O3和MnO2的特定晶体的资源attach_img  ...2 第一性原理 (First-principles) 2429783189 2025-8-5 24438 2429783189 yesterday 21:13
求助gromacs文件有办法降版本吗 分子模拟 (Molecular Modeling) dodobird1 2025-8-4 9242 dodobird1 2025-8-10 08:03
一键xyz各个方向紫外光谱的脚本attachment agree 量子化学 (Quantum Chemistry) exity 2025-8-4 0101 exity 2025-8-4 19:49
CP2K计算过渡态输入文件创建工具attachment agree 第一性原理 (First-principles) funok 2025-8-10 0202 funok 2025-8-10 20:20
orca5.04计算磷光光谱报错Error reading the hessian file(s)!attach_img 量子化学 (Quantum Chemistry) 陈AG 2025-8-4 8164 陈AG 2025-8-5 14:32
求助用gromacs命令gmx density算密度分布得到的结果是三维还是二维的？attach_img 分子模拟 (Molecular Modeling) gaochangcheng 2025-8-4 2133 sobereva 2025-8-5 02:06
求助添加EPEL源出现问题attach_img 计算机使用与Linux交流 (Computer Usage and Linux) zhoumo 2025-8-4 5176 abin 2025-8-5 09:45
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Anti-Kasha的Excited State Dynamics计算流程分享attach_img digest agree 量子化学 (Quantum Chemistry) wal 2025-8-4 2267 wal 2025-8-4 23:13
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请教使用HSE06杂化泛函计算氮化硼和α硼烯的异质结时，能带为-0.06 eV的问题attach_img 第一性原理 (First-principles) ZSW 2025-8-4 0101 ZSW 2025-8-4 13:49
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求助NAMD的Too many atoms in a patch报错attachment 分子模拟 (Molecular Modeling) wbqdssl 2025-8-3 00 wbqdssl 2025-8-3 23:17
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Multiwfn已支持基于ORCA分析CCSD(T)、CCSDT等高级别的波函数agree 波函数分析与Multiwfn (Wavefunction Analysis & Multiwfn) sobereva 2025-8-3 01154 sobereva 2025-8-3 00:53
求助[Mn(H2O)6]2+的基组与赝势的选择attach_img 量子化学 (Quantum Chemistry) ShuaiCui 2025-8-3 14190 ShuaiCui 2025-8-3 22:38
关于蛋白配体复合物模拟后RMSD和Rg波动大、配体位置改变以及复合物氢键数量作用的疑问attach_img 分子模拟 (Molecular Modeling) 317192424 2025-8-2 2241 317192424 2025-8-3 15:06
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求助用orca计算含碘化合物单点能的基组选择 量子化学 (Quantum Chemistry) lijing522 2025-8-2 3229 neocc 2025-8-5 21:35
求助能量最小化后体系能量还是很高attach_img 分子模拟 (Molecular Modeling) huangzi 2025-8-2 7171 huangzi 2025-8-3 10:43
CP2K如何用AIMD计算部分液体部分离子化后的动力学 第一性原理 (First-principles) B1te_theDust 2025-8-2 1127 sobereva 2025-8-2 21:05
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