GMX MD 軌跡修正PBC失敗問題

HarrisLin

早上的問題(在本文下半部)

手動將編組調成只有跨膜區 RMSD就降到合理的範圍了 和RMSF觀察到的現象一致 看來是受到跨膜蛋白膜外區蛋白運動的影響

依照前輩的指示用了VMD檢查軌跡後發現PBC似乎沒修正好的的狀況
導致我無法去確實比較是否膜外區的結構變化導致上面現象的產生

這是我的蛋白配體複合體和水盒子的md.gro的樣子 當初是設定邊界1nm的十二面水盒子


這是沒有修正PBC的md.xtr影片截圖


這是修正PBC的noPBC截圖
我使用的指令是 gmx trjconv -f md.xtc -o md_noPBC.xtc -pbc nojump -ur compact

看起來蛋白其他位置都有修正到
就只有最下那塊膜外區沒被修正到的樣子 (是過追加 -center但問題仍然存在)
用的是GMX 2016.03.(ubuntu)  VMD1.9.3(win10)

爬了下論壇文章 文一    文二
這個似乎是GMX的十二面體水盒子紀錄方式和VMD不相容導致的?
如果是這樣我該用GMX的哪個功能  將MD中特定時間的快照切出來再轉成pdb檔案觀看呢
或是其他能辦到觀看MD中結構變化的方法

謝謝







各位前輩好

想請問一下分子2呈現這樣的 RMSD 可能是什麼因素造成的
做的東西是蛋白和小分子抑制劑結合的複合體MD
上圖是對齊蛋白-配體複合體骨架和配體骨架做 RMSD 分析(想觀察蛋白-配體間距離變化)
中圖是對齊配體骨架對自身做 RMSD 分析 (觀察配體本身是否有結構變化)
下圖是對蛋白各胺基算做RMSF計算





個人的猜測有兩個

一個是因為小分子的結構突然有劇烈的改變(根據右圖 小分子 RMSD 陡升 1.5 Å後一小段時間陡降 1.5 Å)

導致蛋白-配體間的 50~100 ns RMSD 也出現劇烈升幅並於 100~200 ns 間漸漸再平衡(根據左圖)

另一個則是因為我的蛋白是跨膜蛋白
而100x~116x的氨基酸是位於膜內不受束縛最容易扭動
分子2剛好這膜內區的氨基酸漲幅最劇烈導致RMSD偏高?
或許是因為我再RMSD對齊是對著整個蛋白加配體的骨架進行
還是如果我的目的是測蛋白配體間的距離
我在建立index時只要選擇跨膜區的1x~3xx胺基酸和配體的骨架來對齊就好?

先謝謝各位幫忙的前輩了

fhh2626

观察你的轨迹，有什么结构变化只有你自己能知道

HarrisLin

發生新的問題 寫在一樓

fhh2626

HarrisLin 发表于 2017-10-13 17:42
發生新的問題 寫在一樓

pbc wrap -sel "all" -all -center com -centersel "resname XXX" -compound res -shiftcenter {0 0 0}

试试这个呢（不太清楚gromacs的pbc是否能正确的读入VMD）