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[GROMACS] 有没有参数可以表征C-H...Pi 相互作用

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目前MD模拟结果显示分子间有极强的C-H....Pi,请问下哪位研究过C-H....Pi相互作用,有没有什么参数可以表征这种相互作用,或者文献资料推荐,非常感谢!

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发表于 Post on 2017-9-2 12:11:07 | 只看该作者 Only view this author
J. Phys. Chem. A 1999, 103, 6394-6401
Chemical Physics Letters 2000,318,345–354
Chemical Physics Letters 2003, 378,509–515
计算化学与分子模拟

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-2 15:42:04 | 只看该作者 Only view this author
captain 发表于 2017-9-2 12:11
J. Phys. Chem. A 1999, 103, 6394-6401
Chemical Physics Letters 2000,318,345–354
Chemical Physic ...

非常感谢老师。

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发表于 Post on 2017-9-2 18:39:11 | 只看该作者 Only view this author
可以用Multiwfn基于MD轨迹做aRDG分析,看
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.com/186

这里有水-苯的C-H---pi例子
J. Chem. Theory Comput., 2013, 9 (5), pp 2226–2234
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-2 20:10:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-2 18:39
可以用Multiwfn基于MD轨迹做aRDG分析,看
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.co ...

感谢,sob老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-2 20:23:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-2 18:39
可以用Multiwfn基于MD轨迹做aRDG分析,看
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.co ...

还想问下sob老师,aRDG方法是固定一个分子坐标,这考虑是分子间的相互作用,我要分析一个有机共轭分子分子内的的Pi 部分跟侧链的C-H部分的相互作用,分析aRDG能做到吗?

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发表于 Post on 2017-9-2 21:52:24 | 只看该作者 Only view this author
guoy14iccas 发表于 2017-9-2 20:23
还想问下sob老师,aRDG方法是固定一个分子坐标,这考虑是分子间的相互作用,我要分析一个有机共轭分子分 ...


提取有代表性的一些帧,用RDG考察(最好考察前先用量化方法优化一下)
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-9-2 21:59:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-2 21:52
提取有代表性的一些帧,用RDG考察(最好考察前先用量化方法优化一下)
使用Multiwfn图形化研究弱相互 ...

再次谢谢sob老师。

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发表于 Post on 2017-9-19 14:42:13 | 只看该作者 Only view this author
就借楼主的帖子问一下,PI -PI stacking 是不是可以考虑为pi --H键的作用呢?

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发表于 Post on 2017-9-19 21:15:39 | 只看该作者 Only view this author
jase20 发表于 2017-9-19 14:42
就借楼主的帖子问一下,PI -PI stacking 是不是可以考虑为pi --H键的作用呢?

完全不是一码事
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发表于 Post on 2017-9-20 10:28:56 | 只看该作者 Only view this author

sob老师好,因为我看文献报道的T-SHAPE的stacking看起来和这个C-H..PI 的情况很像,所以就这样问的,请问sob老师有没有关于pi stacking的文献资料可以推荐呢?另外还有一个问题就是,普通的MD模拟可以表现出C-H..PI氢键吗?

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发表于 Post on 2017-9-20 11:30:10 | 只看该作者 Only view this author
jase20 发表于 2017-9-20 10:28
sob老师好,因为我看文献报道的T-SHAPE的stacking看起来和这个C-H..PI 的情况很像,所以就这样问的,请问 ...

看DOI: 10.1002/anie.200705157
J. Chem. Soc., Dalton Trans., 2000, 3885–3896
T型或许有人管那叫堆积,但不叫pi-pi堆积。pi-pi堆积主要驱动力是靠pi电子云之间的电子相关作用维持的,而你说的C-H---pi是以静电作用为主维持的。
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发表于 Post on 2017-9-20 23:32:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-9-20 11:30
看DOI: 10.1002/anie.200705157
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T型或许有人管那叫堆 ...

谢谢sob老师

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