MD模拟生物大分子体系离子强度

greatzdk · 发表于 Post on 2016-2-15 21:43:13

MD模拟生物大分子过程中有一个步骤是使体系呈电中性，具体做法有两类
#1 net-neutralization
   增加体系电荷相应的反向电荷，是整个体系呈现电中性
#2  excess salt
   在#1基础上，增加过量盐（通常是NaCl），一般会加入浓度0.1- 0.2 M不等。

#1 比较干净利索，但是与真实体系应该有差距。
#2 与真实体系较近，但是浓度究竟多少合适？
#1 和 #2 在处理上的不同必然会对模拟结果有不同影响，想问问专家，到底如何处理加离子
这个步骤，不同体系会有什么考虑？ #1就可以，还是#2更好，#2哪个浓度更合适，还是在
一定范围都行？

smutao · 发表于 Post on 2016-2-15 23:09:39

想模拟蛋白的解离、折叠肯定是#2好
想模拟配体的结合的话#1就行

greatzdk · 发表于 Post on 2016-2-16 09:49:20

smutao 发表于 2016-2-15 23:09
想模拟蛋白的解离、折叠肯定是#2好
想模拟配体的结合的话#1就行

我有个疑问，这种离子强度的不同，对模拟会产生哪些方面的不同？
增加离子浓度是更多的影响水分子和离子的作用呢？还是这种作用间接影响蛋白质或者其他生物分子的构象变化？这种影响程度如何？

smutao · 发表于 Post on 2016-2-17 01:45:54

greatzdk 发表于 2016-2-16 09:49
我有个疑问，这种离子强度的不同，对模拟会产生哪些方面的不同？
增加离子浓度是更多的影响水分子和离子 ...

实验上对构象是有影响的会夺取蛋白的水化膜导致蛋白与蛋白凝集、沉淀
模拟上不知道可以看看有没有相关的文献

wangxinyu · 发表于 Post on 2016-2-17 09:26:21

对于gromacs，我是这么看：
现在所使用的经验参数都是在常规条件下，对于蛋白质，也就是生理条件下取得的，
在取得经验参数时，对离子与水的相互作用考虑较弱，对离子与蛋白的相互作用根本没考虑，
所以，大家在模拟中都尽量回避极端的盐浓度。
但是我也不知道自己的理解是否有偏差。

加速度123 · 发表于 Post on 2017-9-2 15:37:23

请问下怎么添加盐呀

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-2 18:44:18

加速度123 发表于 2017-9-2 15:37
请问下怎么添加盐呀

显然看你用的程序

sobereva · 发表于 Post on 2017-9-2 18:46:13

一般模拟，原理上用#2并且设成等于生理盐浓度是最合适的。但是用更省事的#1，比起#2通常并没有明显的不足

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[综合交流] MD模拟生物大分子体系离子强度

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