acpype.py可否对分子片段（氨基酸残基）进行计算

xiaoruoqiu · 发表于 Post on 2017-8-18 21:44:26

本帖最后由 xiaoruoqiu 于 2017-8-18 22:05 编辑

如题，感兴趣的肽序列中间含有N-甲基化缬氨酸，拟采用Amber99sb-ildn(普通氨基酸）+ GAFF（N-甲基化缬氨酸）方法进行模拟。由于N-甲基化缬氨酸在肽序列中间（-X-N-Met-Val-X-），如此本人存在一个疑问：用acpype.py构建其拓扑文件时，是采用（1）完整的分子还是（2）去除掉氨基端氢和羧基端羟基的残基片段来进行计算？如果采用（1）的话，写肽链的拓扑文件时候要把氨基端氢和羧基端羟基去掉，整体上电荷不再为零；（2）运行起来没有问题，就是不知道可不可行？两种计算方法得到的分数电荷略有差异，详见下面两张图：

sobereva · 发表于 Post on 2017-8-18 22:10:50

用(2)肯定是不行的，有悬键，导致体系电子结构很不合理
这种情况应当把残基的两端用乙酰基和甲胺基封闭，然后当做一个普通分子搞参数。然后适当人工调节原子电荷，使得残基的电荷为整数。

xiaoruoqiu · 发表于 Post on 2017-8-18 23:05:27

本帖最后由 xiaoruoqiu 于 2017-8-18 23:14 编辑

谢谢Sob老师，重新算了下，乙酰基net charge 0.075，甲氨基net charge -0.011

tianflame · 发表于 Post on 2017-8-21 12:00:33

可以参考这个amber的教程，如何获得非标准残基的电荷

http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial1/section1.htm

xiaoruoqiu · 发表于 Post on 2017-8-21 12:22:50

tianflame 发表于 2017-8-21 12:00
可以参考这个amber的教程，如何获得非标准残基的电荷

http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial1 ...

灰常感谢

赵云跳槽 · 发表于 Post on 2017-8-24 09:36:40

这是啥软件，显示电荷好清楚，高斯显示的电荷不清楚？

xiaoruoqiu · 发表于 Post on 2017-8-24 23:30:03

赵云跳槽发表于 2017-8-24 09:36
这是啥软件，显示电荷好清楚，高斯显示的电荷不清楚？

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