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[CASTEP/Dmol3/MS] CASTEP:Linux下提交“性质”(如能带)计算作业,提示无法打开check文件

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CASTEP:Linux下提交“性质”(如能带)计算作业,报错:

Reading continuation data from model file f8_BandStr.check
Error model_continuation: Failed to open file f8_BandStr.check
Current trace stack:
model_continuation
castep

请教大家,这种情况如何解决?


另外,用命令提交作业的时候,如果我设置了构型优化的同时计算能带、态密度等性质,最后也只能给出构型优化的结果,能带等信息给出的都是错误的。之所以这样说,是因为同样的体系我用win版CASTEP做过测试,发现Linux给出的能带信息和win版的不吻合,且win版的更为合理。我猜想Linux下根本没有计算能带等性质。这是不是跟我提交作业时根本就没有提交性质计算的任务有关?换句话说,我如何能在Linux下轻松实现构型优化和性质计算在同一个作业完成?

我提交作业的命令是RunCASTEP.sh -q normal -np 8 jobname









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发表于 Post on 2016-5-27 16:41:22 | 只看该作者 Only view this author
只要额外产生input的性质计算都得在结构弛豫或单点能完成后保留电荷密度等,然后在相同功能工作目录额外运行一遍这些input,如:

能带计算,RunCASTEP.sh -q normal -np 8 jobname结构优化或单点能完成后,你还得RunCASTEP.sh -q normal -np 8 jobname_BandStr才能进行能带计算。

否则读取的电荷和带结构的信息都是自洽的,因为涉及到的K点不同,所以根本没法按照指定的高对称点形成的Path给出色散关系。DMol3也如此。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-27 17:57:52 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2016-5-27 16:41
只要额外产生input的性质计算都得在结构弛豫或单点能完成后保留电荷密度等,然后在相同功能工作目录额外运 ...

谢谢你的回复。

按照你的提示,我在构型优化后保留所有文件的情况下重新试了,还是报同样的错误

是不是有些文件不需保留?

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发表于 Post on 2016-5-27 19:03:37 | 只看该作者 Only view this author
xiaowandouer 发表于 2016-5-27 17:57
谢谢你的回复。

按照你的提示,我在构型优化后保留所有文件的情况下重新试了,还是报同样的错误

这点我不好说,我不知道你的具体操作和具体输入,也有可能是权限问题造成f8_BandStr.check打不开。

实在不行留下联系方式,我远程看看。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-28 10:32:10 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2016-5-27 19:03
这点我不好说,我不知道你的具体操作和具体输入,也有可能是权限问题造成f8_BandStr.check打不开。

实 ...

非常抱歉,因为不是自己的服务器,所以登陆还需要些密钥什么的,稍稍麻烦。我先把我的操作步骤说下,您看下是不是有问题,如果还不行就只好麻烦您了

输入文件,我是在win版MS里构建的,就是在setup窗口把参数设好,包括要计算的能带等性质,然后把cell文件和param文件复制到Linux某目录下。在同一目录下,先提交opt的作业,opt完成后再提交性质计算作业,就报f8_BandStr.check打不开的错误了

以下是std_out.txt里的信息:
Checked out license feature: MS_castep_site <v2011.090> [for msi] (1 copy)

rank 0 in job 1  cmm03node03_38090   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 0: return code 1

以下是Castepexe.log里的信息:
Run Castep: with seedname = f8_BandStr
1464402316      status  new     queued
1464402317      progress                -1
1464402320      status  new     running
1464402323      progress                100
1464402323      message error   CASTEP terminated with unknown error status.
1464402323      status  new     failure-completed

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发表于 Post on 2016-5-28 12:57:35 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 卡开发发 于 2016-5-28 14:36 编辑
xiaowandouer 发表于 2016-5-28 10:32
非常抱歉,因为不是自己的服务器,所以登陆还需要些密钥什么的,稍稍麻烦。我先把我的操作步骤说下,您看 ...
你把整个工作目录拷贝到linux看看

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xiaowandouer + 4 非常感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-28 16:07:52 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2016-5-28 12:57
你把整个工作目录拷贝到linux看看

成了!可以算了!我咋就没想到呢!原来是优化完构型,重新设置性质计算参数并保存时,还会产生一个非常重要的*.rcheck文件,将这个拷贝到Linux就可以算了

谢谢卡开发发耐心的回复,帮大忙啦!





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发表于 Post on 2017-5-15 09:14:03 | 只看该作者 Only view this author
xiaowandouer 发表于 2016-5-28 10:32
非常抱歉,因为不是自己的服务器,所以登陆还需要些密钥什么的,稍稍麻烦。我先把我的操作步骤说下,您看 ...

你好,我也有跟你一样的问题,请问你是怎么解决的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-5-15 09:41:03 | 只看该作者 Only view this author
佳佳米 发表于 2017-5-15 09:14
你好,我也有跟你一样的问题,请问你是怎么解决的?

见7楼哈。

windows下保存性质计算的任务时会产生一个*.rcheck文件,所以Linux下提交任务时除了需要.param, .cell文件及势函数文件外,还需要一个.rcheck 文件,这些都有了,作业就可以算了。

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