可生成任意聚合度线形聚合物结构、拓扑以及电荷的在线程序

王纪峰

摘要：在含有聚合物的分子动力学模拟中，用户常常面临着高聚合度的聚合物结构搭建复杂，原子电荷赋予困难，难以构建非均聚物等问题。在这里，我们提出了一种基于原子编辑、节点矩阵以及邻接矩阵的聚合物生成方法，可生成任意聚合度线形聚合物结构（.pdb，.mol2，.xyz）、拓扑文件（Gromacs的.itp，.top）以及RESP电荷的在线程序。并且将其集成在了课题组开发的在线平台中（arXiv preprint arXiv:2507.04423, 2025.）（https://cleanenergymaterials.cn），用户仅需要选择生成聚合物的类别（均聚物、嵌段共聚物、交替共聚物、无规共聚物），并且输入每个组分的SMILES式以及重复单元数量，即可进行生成。平台同时也集成了基于组分贡献法预测用户输入的聚合物性质（Tg，Tm，拉伸强度、杨氏模量与静态介电常数）。


使用方法：
（1）首先进入CEMP平台的聚合物模块（https://cleanenergymaterials.cn/polymer/generate_polymer_display），然后按照下图按顺序填写内容。

其中需要特别注意的是，组分的SMILES必须含有明确的键接位点，例如对于乙烯基片段，应该写成 (论坛似乎打不出来这个“方括号+星号+方括号”)，而非CC，如果不按照要求，则会报错。
这种SMILES的获取方式可以通过chemdraw绘制，如下图所示：

绘制后，框选分子，右键——molecule——copy as——SMILES，即可将分子复制到黏贴版上
除此之外，还需要注意Name必须由“英文字母”，“下划线”，“数字”构成（或者只包含英文字母），如果只使用数字，则可能产生不识别的问题。

用户初次体验时，可能存在对“带有键接”位点的SMILES了解的不够准确，导致写入错误的键接位点，平台提供了SMILESDrawer功能，能够快速帮助用户查看自己绘制的SMILES是否符合预期
SMILESDrawer：https://cleanenergymaterials.cn/autocompute/smilesdrawer


（2）填写完毕后，用户可以点击“Predict Polymer”按钮进行初步性质预测（未上线，已接受，Chin. J. Polym. Sci.  https://doi.org/10.1007/s10118-025-3402-y），也可以直接点击“Generate Polymer”开始聚合物生成。
值得注意的是，聚合物生成相对较慢，因为会调用结构优化对组分片段进行初步优化（b3lyp/6-311G** em=gd3bj scale=0.9682）并且生成计算RESP所必须的量子化学检查点文件，所以首先会返回任务的ID号，用户此时可以等待任务完成，任务完成后会发送提醒邮件到用户的注册邮箱中。

（3）任务完成后，进入Query查询界面（https://cleanenergymaterials.cn/query/），上进行查看任务进度，任务完成后，将任务的TASK ID输入到上方搜索框中，并提交。

此时会返回绘图文件的下载链接。

（4）其中第一个链接为用户填写的表格，第二个链接为生成的聚合物的结构和拓扑文件：

查看生成的效果：

查看给出的itp以及top文件


注意事项：
1.        拓扑文件的生成基于sob老师开发的Sobtop实现，力场为GAFF（暂时不支持更改）。
2.        目前仅支持生成适配Gromacs的itp以及top文件。
3.        RESP电荷计算基于Multiwfn实现，需要引用Tian Lu, J. Chem. Phys., 161, 082503 (2024) DOI: 10.1063/5.0216272
4.        需要引用CEMP平台arXiv preprint arXiv:2507.04423, 2025.

牧生

可以说是很多人的急需了。但是我还是有点疑问。

1. 应该写成CC，而非CC

复制代码

这里没看懂噢

图中略有点看不清，可能说的是有个符号 。。


第一个问题：

我用一个简单的结构去试试

得到

1. Your key is: gAAAAABoorXMMGdCiLetDoMgKUnbfh_gbipPL4fNmNxtncCuAJarECD3Jbq70IACyMceiB5uPMsagGO6eWPBRQfhyFSkfyv1RDT1abUIxt85BoZZLjH6COnNfXfZt6JF5g2tH9JYbiyRNCB51yW6tcluBIKknLnWHgiBpSb_9eufJOkuhC2e7sE_FxRtheLjqZ7TVMQYxHvk6FMiOlhL996USy9HEb3FeHeUWUF-I0GEU_tzBPVz1xTKYiFLo1jTw60g8al4PYmWLXaCR5nd3e6Tlx92YquSyle7XOugcbOSzBkqEV2CWkXviWH_p0gzA_PaCSvOD63QJ7b8eSyD5XGha2cKcEUvorI7Ruwi5ozexIxipjTqB-FhEbcDg8xRsLD9Mj5XACqTKeHqkunhlr2HrTtXX7Bhx60kjevJ4sVKUu2H7uchBlQ=

复制代码

查询得到

1. Failed to run notebook: 1_Polymer_RESP_repeat_unit.ipynb
   
2. Return Code: 1
   
3. Standard Output:
   
4. 
   
5. Standard Error:
   
6. [NbConvertApp] Converting notebook /data/jupyternotebook_public/Project15_AI_ML_BMS_JZZ/cemp/media/Polymer/GeneratePolymer/20250818_131036_4e8d68/1_Polymer_RESP_repeat_unit.ipynb to notebook
   
7. Traceback (most recent call last):
   
8.   File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/bin/jupyter-nbconvert", line 10, in
   
9.     sys.exit(main())
   
10.   File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/jupyter_core/application.py", line 283, in launch_instance
    
11.     super().launch_instance(argv=argv, **kwargs)
    
12.   File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/traitlets/config/application.py", line 1075, in launch_instance
    
13.     app.start()
    
14.   File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbconvert/nbconvertapp.py", line 420, in start
    
15.     self.convert_notebooks()
    
16.   File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbconvert/nbconvertapp.py", line 597, in convert_notebooks
    
17.     self.convert_single_notebook(notebook_filename)
    
18.   File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbconvert/nbconvertapp.py", line 563, in convert_single_notebook
    
19.     output, resources = self.export_single_notebook(
    
20.   File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbconvert/nbconvertapp.py", line 487, in export_single_notebook
    
21.     output, resources = self.exporter.from_filename(
    
22.   File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbconvert/exporters/exporter.py", line 201, in from_filename
    
23.     return self.from_file(f, resources=resources, **kw)
    
24.   File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbconvert/exporters/exporter.py", line 220, in from_file
    
25.     return self.from_notebook_node(
    
26.   File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbconvert/exporters/notebook.py", line 36, in from_notebook_node
    
27.     nb_copy, resources = super().from_notebook_node(nb, resources, **kw)
    
28.   File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbconvert/exporters/exporter.py", line 154, in from_notebook_node
    
29.     nb_copy, resources = self._preprocess(nb_copy, resources)
    
30.   File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbconvert/exporters/exporter.py", line 353, in _preprocess
    
31.     nbc, resc = preprocessor(nbc, resc)
    
32.   File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbconvert/preprocessors/base.py", line 48, in __call__
    
33.     return self.preprocess(nb, resources)
    
34.   File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbconvert/preprocessors/execute.py", line 103, in preprocess
    
35.     self.preprocess_cell(cell, resources, index)
    
36.   File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbconvert/preprocessors/execute.py", line 124, in preprocess_cell
    
37.     cell = self.execute_cell(cell, index, store_history=True)
    
38.   File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/jupyter_core/utils/__init__.py", line 165, in wrapped
    
39.     return loop.run_until_complete(inner)
    
40.   File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/asyncio/base_events.py", line 647, in run_until_complete
    
41.     return future.result()
    
42.   File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbclient/client.py", line 1062, in async_execute_cell
    
43.     await self._check_raise_for_error(cell, cell_index, exec_reply)
    
44.   File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbclient/client.py", line 918, in _check_raise_for_error
    
45.     raise CellExecutionError.from_cell_and_msg(cell, exec_reply_content)
    
46. nbclient.exceptions.CellExecutionError: An error occurred while executing the following cell:
    
47. ------------------
    
48. 
    
49. # 创建成功和失败的文件夹
    
50. os.makedirs('Gaussian/RESPpolymer/success', exist_ok=True)
    
51. os.makedirs('Gaussian/RESPpolymer/failure', exist_ok=True)
    
52. 
    
53. # 定义Gaussian生成文件路径
    
54. base_dir = 'Gaussian/RESPpolymer'
    
55. success_dir = os.path.join(base_dir, 'success')
    
56. failure_dir = os.path.join(base_dir, 'failure')
    
57. 
    
58. # 设置opt+freq文件夹路径
    
59. Gaussian_path = "Gaussian/RESPpolymer/success"
    
60. 
    
61. #检查存储结构优化的文件Gaussian_database是否存在于当前账户上
    
62. gaussian_database_path, optfreq_gaussian_database_path, RESPpolymer_database_path = check_and_create_gaussian_database()
    
63. 
    
64. # 获取System.xlsx的dataframe，以及存储聚合物名称的列表
    
65. df, polymers = read_excel_and_create_lists('System_homopolymer.xlsx')
    
66. 
    
67. # 拷贝聚合物的文件，从数据库拷贝到当前目录下
    
68. not_found_polymers, found_polymers = copy_files_for_polymers(
    
69.     RESPpolymer_database_path,
    
70.     success_dir,
    
71.     polymers
    
72. )
    
73. 
    
74. total_polymers = not_found_polymers + found_polymers
    
75. 
    
76. # 为未找到的聚合物重复单元创建Gaussian输入文件和电荷约束文件chgcons.txt
    
77. create_input_files_for_missing_polymers(df, not_found_polymers)
    
78. 
    
79. # 以下部分不能放在上面的循环中，否则会重复调用Gaussian进行计算        
    
80. # 调用Gaussian对重复单元进行结构优化，同时进行静电势计算
    
81. calculate(success_dir, failure_dir, MAX_TASKS=1)  
    
82. 
    
83. # 将结构优化成功的聚合物重复单元文件复制到Gaussian_database/RESPpolymer中
    
84. copy_newly_calculated_files(RESPpolymer_database_path, success_dir, not_found_polymers)
    
85. 
    
86. # 将当前目录下的chk文件转化为fchk文件
    
87. convert_chk_to_fchk(Gaussian_path)
    
88. 
    
89. # 创建断点文件 test1_pass.txt
    
90. with open("test1_pass.txt", "w") as f:
    
91.     f.write("convert_chk_to_fchk completed successfully.\n")
    
92. # 对当前目录下所有聚合物，计算重复单元的RESP电荷
    
93. create_repeatunit_chg(total_polymers)
    
94. 
    
95. # 创建断点文件 test2_pass.txt
    
96. with open("test2_pass.txt", "w") as f:
    
97.     f.write("create_repeatunit_chg completed successfully.\n")
    
98. 
    
99. ------------------
    
100. 
     
101. ----- stdout -----
     
102. Gaussian_database文件夹已存在于/data/Gaussian_database。
     
103. Found polymers: []
     
104. Polymers not found: ['12']
     
105. ------------------
     
106. 
     
107. ---------------------------------------------------------------------------
     
108. IndexError                                Traceback (most recent call last)
     
109. Cell In[18], line 29
     
110.      26 total_polymers = not_found_polymers + found_polymers
     
111.      28 # 为未找到的聚合物重复单元创建Gaussian输入文件和电荷约束文件chgcons.txt
     
112. ---> 29 create_input_files_for_missing_polymers(df, not_found_polymers)
     
113.      31 # 以下部分不能放在上面的循环中，否则会重复调用Gaussian进行计算        
     
114.      32 # 调用Gaussian对重复单元进行结构优化，同时进行静电势计算
     
115.      33 calculate(success_dir, failure_dir, MAX_TASKS=1)  
     
116. 
     
117. Cell In[16], line 4, in create_input_files_for_missing_polymers(df, missing_polymers)
     
118.       2 def create_input_files_for_missing_polymers(df, missing_polymers):
     
119.       3     for name in missing_polymers:
     
120. ----> 4         smiles = df[df['Name'] == name]['SMILES'].iloc[0]
     
121.       5         # 获取重复单元的端基索引，非端基索引和重复单元的电荷信息
     
122.       6         terminal_indices, non_terminal_indices, repeatunit_charge = create_repeatunit_Gaussian_inputfile(df, smiles, name)
     
123. 
     
124. File /data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/pandas/core/indexing.py:1191, in _LocationIndexer.__getitem__(self, key)
     
125.    1189 maybe_callable = com.apply_if_callable(key, self.obj)
     
126.    1190 maybe_callable = self._check_deprecated_callable_usage(key, maybe_callable)
     
127. -> 1191 return self._getitem_axis(maybe_callable, axis=axis)
     
128. 
     
129. File /data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/pandas/core/indexing.py:1752, in _iLocIndexer._getitem_axis(self, key, axis)
     
130.    1749     raise TypeError("Cannot index by location index with a non-integer key")
     
131.    1751 # validate the location
     
132. -> 1752 self._validate_integer(key, axis)
     
133.    1754 return self.obj._ixs(key, axis=axis)
     
134. 
     
135. File /data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/pandas/core/indexing.py:1685, in _iLocIndexer._validate_integer(self, key, axis)
     
136.    1683 len_axis = len(self.obj._get_axis(axis))
     
137.    1684 if key >= len_axis or key < -len_axis:
     
138. -> 1685     raise IndexError("single positional indexer is out-of-bounds")
     
139. 
     
140. IndexError: single positional indexer is out-of-bounds
     

复制代码

第二个问题：
针对一个简单的结构丙烯酰胺，无论用
C(C)C(=O)N 或者 ，或者 ，都不行。。







PS：方括号里面放个*，这个符号不能出现在回帖的文本里面，会变格式。。只能用图了

王纪峰

牧生 发表于 2025-8-18 13:16
可以说是很多人的急需了。但是我还是有点疑问。

这里没看懂噢

感谢您的建议！
对于第一个问题：的确帖子内好像打不出“方括号+星号+方括号”，SMILES的输入就应该是您说的这个形式，含有键接位点。这个问题我已在帖子内更正。
对于第二个问题，我发现问题出在Name的命名上，导致没有被识别，您可能需要使用“英文字母，下划线，数字”组成的Name进行命名，我修改Name后可以成功运行。（这点我在帖子中已强调）
对于第三个问题，丙烯酰胺的结构，我这边后台看到您使用（含有键接位点的SMILES）任务成功了，的应该已经success了，您可以再试一试看看。
再次感谢您愿意抽出时间测试

牧生

请帮我看下我的操作有何不妥吗？

我用AM，C=CC(N)=O，改成 [方括号*]C=C[方括号*]C(N)=O，提交上去得到了

1. Your request has been submitted successfully.
   
2. 
   
3. Your key is: gAAAAABootoetREtaqqQhgnqsAyzvSv9UzhWYRbqf6DmXn1GobNqb49VAAUusLWCtInWRLVL8-yzp-lXWJfp12wZ90c50hE4N4j-VttlTmPjDO7XTeeOQFl915SCtzD9Kuw_vIppL_uNaLDFGfGbqyTjYjcQmGWBwWFiKacdG3nbdVvX7d09hjlNBS4mggUlvdFYOfO4is0P4nCvbY6_tGDaToOrsCVpl9Pf-otnudvJM8TKKhLtZUIyKz-BiU1O7MrsA8upyoTe_z0i_0H3NqqivkhkNouect9MKCKEx31U5ADDW6U-LD-WU0fRlhfbIEF_KvB9KUK5eCxyJY8T-izyZCWzpQUQy1yJjJXHiUaOK-G6nceWDSTQSeOytvpXlc29tS77edoTYNLSz2Zk6y5LDndUjOJsnlpc4p-NUXj4_fT6D4eQN58=

复制代码

但是查询还是

1. Task failed. Please review the error details below:
   
2. 
   

复制代码

即时使用[方括号*]CC[方括号*]C(N)=O，照样是 failed






然后换用了一个丙烯酸的阴离子结构



得到的是C=CC([O])=O，那么我改成了    [方括号*]C=C[方括号*]C([O])=O，名字写成AA，重复5个

得到

1. <blockquote>Your request has been submitted successfully.

复制代码

然后查询得到的结果看起来都对。


下载回来得到一个压缩包，解压得到


但是VMD打开就不对了


还有，polymer_AA.chg的格式可能不对，使用Multiwfn无法打开

王纪峰

C=CC(N)=O的聚合物形式应该写成上图所示：必须要暴露出来键接位点

王纪峰

牧生 发表于 2025-8-18 16:08
请帮我看下我的操作有何不妥吗？

我用AM，C=CC(N)=O，改成 [方括号*]C=C[方括号*]C(N)=O，提交上去得到 ...

感谢您的测试，我发现您的问题源于错误的键接位点表示形式，我已经在下一楼中写明了正确的形式，期待您的再次使用！
您同样可以在我们平台提供的SMILESDrawer（https://cleanenergymaterials.cn/autocompute/smilesdrawer）中查看自己SMILES的结果是否正确。
SMILESDrawer的使用已经添加在帖子的描述中。

牧生

第一个问题，得到的聚合物是一个简单的重复的结构，似乎没有考虑端基饱和的问题




第二个问题，得到的聚合物的电荷的chg文件格式不规范，Multiwfn不能打开，且缺失了几个原子的电荷



第二个链接得到的是一个excel的表格，不是压缩包。





请大佬用丙烯酸阴离子结构，直接走一遍，录个屏也行，教教我。

lmch

测试了一下，发现得到的聚合物结构主链是随机弯曲折叠的，请问实际中这种随机的弯曲折叠对链的性质会有实际影响吗？

王纪峰

lmch 发表于 2025-8-18 17:37
测试了一下，发现得到的聚合物结构主链是随机弯曲折叠的，请问实际中这种随机的弯曲折叠对链的性质会有实际 ...

影响是有的，一般来说比较适合那种无定形，非刚性的聚合物。如果是刚性聚合物，降低重复单元数量，同样也能生成相对刚性的线性结构。
还有值得注意的是，如果对聚合物构象要求比较高，生成的结果需要事先跑NVT让其预平衡一下，不过这样比较麻烦了。

王纪峰

牧生 发表于 2025-8-18 16:58
第一个问题，得到的聚合物是一个简单的重复的结构，似乎没有考虑端基饱和的问题

第一个问题：感谢您的建议，端基饱和目前只支持采用H饱和，因为我所接触的大部分研究中对端基研究较少，基本都是对聚合物本身结构进行研究的，不过从算法层面上来说，用什么基团饱和都是可以调整的，之后我可以逐步新增功能对其调整。
第二个问题：本身就是一个表格文件以及一个文件夹
第三个问题，这边给出一个非常详细的示例，后台看到您的丙烯酸加了双键，但是实际在聚合时，双键是打开的，所以导致了原子电荷不匹配的问题。

提交计算

查看结果

结果一个为表格，一个为文件夹（文件夹里包含拓扑文件polymer_topology与结构文件polymer_structure）

结构文件：

电荷文件

示例的ID号（您可以输入该ID查看结果）

gAAAAABooxp5gWk8Nk4Deu2ene6m5olf9X_0chNbeuyNR3k_UFTEUvKHkLSuKxiec3elzUyhsxRmz03XQ4iBVjtwjB3VgUQ6ME3xsp17f4Kk8BuOXA2nGXEXjaYrZv4jN9rDC6TGLOwaS9w4P_z2VjepsiwAZAqMczaOas1V6cb825eJGqMdbwlI1ly6X5NbgOXqRH8Kq8ymufpWmAk9JyTr5lKXj-24L-5PjxNKwGdoEW5iZTCohaNtNOkNBMgLbOXHVYdA-lW8q7sCKogaVGM8mQnznKQltkNeiuOhMuhzT6hky9l2ryRhAb73xIvYPTzlSbLr3une2DiPCYyKgiq-P1wRWjObMWkhXd_lijUjiqlLzUnMBQ0mL8vxbf6RvoLRYX4Dzw0h7JdkT3zaXUzg3BndFyTgr6qQ94RgLKJdmd_kcVzAE9w=

含光君

感谢楼主分享，我提交了一个任务，但不太明白结果从哪里获取。

邮箱收到的邮件提示：

1. Task Details:
   
2.             - Task Type: Generate_random_copolymer
   
3.             - Submission Time: 2025-08-19 01:47:56
   
4.             - Completion Time: 2025-08-19 01:57:05
   
5.             - Task Status: Success
   

复制代码

但邮件中给出的链接无法访问 （504 Gateway Timeout）

Query中显示success,



但是查了Task ID 显示失败。
Task ID:
gAAAAABoo9fMNG_3QEsA9qKDCxG2pXOJqSQC5AvO1CQNKUlNl05mKZ78HB5Ue8uQ6pwgteJQ5HjWuNwlJLUiSvMYFxX4Ra2DQ3jUuH9hZdUiGERVaMcvf2kgl4VXYmt7y8U7eqcEyPqkvfWIZlHi97hiK9ii_LxAz-LHiBAn73BeWpE-HvdddLDn-XsxPUgx7dxZ5928yeW9vDV7QNYNeepD3zXvH59dZYYH11vGiBU_abiaNyPLpJIcSLh9D7k0Mb2aZSFAM34o6cRCavcTlqTYMHqsKhOj6Y2RltFAnmD2LyDFWYti-4kSa0BvMWMoysy3bwuLnzuHymxQI8AzDv6lT19PzTQkldhZAr8IRkEbWf3ELQ4QmCO_wgHPSyyIrpypA1TIs4IUGWFLpQ5M67mNkXUhqfQ_N4ptGop8bskBezKvHPxeLDctX4crGwaAd-w46ofUoZEQ




所以我不知道具体算成功没有，请楼主帮忙check下，谢谢

牧生

感谢大佬这个好工具，我现在都已经可以成功生成聚合物了。

现在总结之前不成功的原因，是SMILES格式的文件不正规造成。

至于端基饱和的问题，我觉得用氢原子饱和，或者甲基饱和，确实不会影响聚合物链本身的性质

王纪峰

含光君 发表于 2025-8-19 10:28
感谢楼主分享，我提交了一个任务，但不太明白结果从哪里获取。

邮箱收到的邮件提示：

后台检查发现您的SMILES（gr1）解析存在问题，可能需要进一步核对，您的N原子化合价不对

含光君

王纪峰 发表于 2025-8-19 14:25
后台检查发现您的SMILES（gr1）解析存在问题，可能需要进一步核对，您的N原子化合价不对

明白啦，我再check一下，谢谢楼主

科研小白0126

大佬我这是smile格式不对吗，纯小白
Failed to run notebook: 2_Polymer_chg_and_Polymer_creation_ Linear_polymer.ipynb
Return Code: 1
Standard Output:

Standard Error:
[NbConvertApp] Converting notebook /data/jupyternotebook_public/Project15_AI_ML_BMS_JZZ/cemp/media/Polymer/GeneratePolymer/20250819_212106_f3b689/2_Polymer_chg_and_Polymer_creation_ Linear_polymer.ipynb to notebook
Traceback (most recent call last):
  File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/bin/jupyter-nbconvert", line 10, in
    sys.exit(main())
  File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/jupyter_core/application.py", line 283, in launch_instance
    super().launch_instance(argv=argv, **kwargs)
  File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/traitlets/config/application.py", line 1075, in launch_instance
    app.start()
  File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbconvert/nbconvertapp.py", line 420, in start
    self.convert_notebooks()
  File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbconvert/nbconvertapp.py", line 597, in convert_notebooks
    self.convert_single_notebook(notebook_filename)
  File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbconvert/nbconvertapp.py", line 563, in convert_single_notebook
    output, resources = self.export_single_notebook(
  File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbconvert/nbconvertapp.py", line 487, in export_single_notebook
    output, resources = self.exporter.from_filename(
  File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbconvert/exporters/exporter.py", line 201, in from_filename
    return self.from_file(f, resources=resources, **kw)
  File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbconvert/exporters/exporter.py", line 220, in from_file
    return self.from_notebook_node(
  File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbconvert/exporters/notebook.py", line 36, in from_notebook_node
    nb_copy, resources = super().from_notebook_node(nb, resources, **kw)
  File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbconvert/exporters/exporter.py", line 154, in from_notebook_node
    nb_copy, resources = self._preprocess(nb_copy, resources)
  File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbconvert/exporters/exporter.py", line 353, in _preprocess
    nbc, resc = preprocessor(nbc, resc)
  File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbconvert/preprocessors/base.py", line 48, in __call__
    return self.preprocess(nb, resources)
  File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbconvert/preprocessors/execute.py", line 103, in preprocess
    self.preprocess_cell(cell, resources, index)
  File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbconvert/preprocessors/execute.py", line 124, in preprocess_cell
    cell = self.execute_cell(cell, index, store_history=True)
  File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/jupyter_core/utils/__init__.py", line 165, in wrapped
    return loop.run_until_complete(inner)
  File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/asyncio/base_events.py", line 647, in run_until_complete
    return future.result()
  File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbclient/client.py", line 1062, in async_execute_cell
    await self._check_raise_for_error(cell, cell_index, exec_reply)
  File "/data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/nbclient/client.py", line 918, in _check_raise_for_error
    raise CellExecutionError.from_cell_and_msg(cell, exec_reply_content)
nbclient.exceptions.CellExecutionError: An error occurred while executing the following cell:
------------------
if __name__ == '__main__':
    main()
------------------

----- stdout -----
--------PQx-IT-------PQx-IT----------PQx-IT--------PQx-IT---------PQx-IT-------PQx-IT----------PQx-IT--------PQx-IT--------
------------------

---------------------------------------------------------------------------
FileNotFoundError                         Traceback (most recent call last)
Cell In[26], line 2
      1 if __name__ == '__main__':
----> 2     main()

Cell In[25], line 16, in main()
     14 smiles = df.loc[df['Name'] == name, 'SMILES'].values[0]
     15 n = int(df.loc[df['Name'] == name, 'repeating unit'].values[0])
---> 16 processing(name, smiles, n)
     17 print(f"--------{name}-------{name}----------{name}--------{name}---------{name}-------{name}----------{name}--------{name}--------")

Cell In[24], line 16, in processing(polymer_name, smiles, n, nproc, mem)
     13 mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
     15 # 获取聚合物链重复单元的原子电荷
---> 16 repeat_unit_charges = repeat_unit_charge_list(chg_filename)
     18 # 获取聚合物链端基聚合位点的原子电荷信息
     19 end_group_atom_charges_dict = create_end_group_atom_charges_dict(repeat_unit_charges, mol, n)

Cell In[5], line 7, in repeat_unit_charge_list(chg_filename)
      3 '''
      4 chg_filename：聚合物单个重复单元的电荷信息文件
      5 '''
      6 repeat_unit_charges = []
----> 7 with open(chg_filename, 'r') as file:
      8     for line in file:
      9         # 假设电荷信息在每行的最后一列
     10         repeat_unit_charges.append(float(line.split()[-1]))

File /data/jiazheju/anaconda3/envs/cemp_env/lib/python3.9/site-packages/IPython/core/interactiveshell.py:284, in _modified_open(file, *args, **kwargs)
    277 if file in {0, 1, 2}:
    278     raise ValueError(
    279         f"IPython won't let you open fd={file} by default "
    280         "as it is likely to crash IPython. If you know what you are doing, "
    281         "you can use builtins' open."
    282     )
--> 284 return io_open(file, *args, **kwargs)

FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'PQx-IT.chg'