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[Lammps] 求助:统计lammps输出模型中的3-7圆环数量的程序或者脚本

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请问大家有没有见过哪个程序或者脚本能够处理成如下的结果。顺便求助一下有关于统计模型中3-7圆环数量的脚本,感谢大家了

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发表于 Post on 2023-4-11 11:47:25 | 只看该作者 Only view this author
VMD能直接对不同大小的环以不同方式着色(drawing method = paperchain)
恰当用选择语句写脚本。诸如maxringsize 6 from AAA代表处于AAA中六元环的原子

VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-11 11:50:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-11 11:47
VMD能直接对不同大小的环以不同方式着色(drawing method = paperchain)
恰当用选择语句写脚本。诸如maxr ...

谢谢sob老师,我这就去看看

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-12 12:00:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-11 11:47
VMD能直接对不同大小的环以不同方式着色(drawing method = paperchain)
恰当用选择语句写脚本。诸如maxr ...

老师,这个选择语句怎么从selected atoms里边输入,有没有相应的教程或者脚本什么的。可以改的。ringsize这种选择语句不太会输

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发表于 Post on 2023-4-12 14:16:16 | 只看该作者 Only view this author
LGX 发表于 2023-4-12 12:00
老师,这个选择语句怎么从selected atoms里边输入,有没有相应的教程或者脚本什么的。可以改的。ringsize ...

graphics - representation里
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-12 15:26:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-12 14:16
graphics - representation里

1.Graphics -representation里边的selections选项中有Singlewords和keyword,我没有找到关于那个ringsize关键词。如果直接在selected atoms里边输入的话提示“the atom selection you typed could not be understood”。
2.那个使用ringsize 5 from AAA,其中这个AAA为自己所构建的模型,我是需要给重新命名嘛
麻烦老师解答一下,这个软件不太会

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发表于 Post on 2023-4-12 18:17:52 | 只看该作者 Only view this author
LGX 发表于 2023-4-12 15:26
1.Graphics -representation里边的selections选项中有Singlewords和keyword,我没有找到关于那个ringsize ...

自己手写
2L我给的博文都有极其清楚的例子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-13 20:50:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-12 18:17
自己手写
2L我给的博文都有极其清楚的例子

谢谢老师,解决了。我还想问一下那个统计出来的6元环怎么能输出它的数量,量有点多,数不过来

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发表于 Post on 2023-4-13 21:48:04 | 只看该作者 Only view this author
LGX 发表于 2023-4-13 20:50
谢谢老师,解决了。我还想问一下那个统计出来的6元环怎么能输出它的数量,量有点多,数不过来

写脚本,根据拓扑关系算出来环数
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-14 09:51:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-13 21:48
写脚本,根据拓扑关系算出来环数

老师,可以给个思路嘛,之前一直没接触过写tcl脚本。我也在看您之前发的有关于tcl的教程,还在学习阶段

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发表于 Post on 2023-4-14 12:40:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lyj714 于 2023-4-14 12:48 编辑

你要想统计各种类型环的数目,必须写脚本或者程序才能够实现的,所以自己必须有一定的编程基础。
思路也有多种,相对容易的就是遍历原子,比如想要识别6元环的数目,就必须以每个原子为基点,根据连接关系找到相连的另一个原子,然后继续寻找下一个和上一个原子相连的原子,依次类推直到到第6个原子,并且第6个原子就是最开始的那个基点,就表明路径封闭,即6元环。等等,其他的也是依次类推,注意剔除重复环。
另外的也可以用其他的算法找环,比如深度优先算法等等都可以


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发表于 Post on 2023-10-3 09:51:30 | 只看该作者 Only view this author
LGX 发表于 2023-4-13 20:50
谢谢老师,解决了。我还想问一下那个统计出来的6元环怎么能输出它的数量,量有点多,数不过来

您好,关于环数量的统计请问解决了吗?我也是只会通过VMD将多元环显示出来,但是具体到统计数量就不会做了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-8 14:55:28 | 只看该作者 Only view this author
xiaoj 发表于 2023-10-3 09:51
您好,关于环数量的统计请问解决了吗?我也是只会通过VMD将多元环显示出来,但是具体到统计数量就不会做 ...

这块的话是采用编程统计出来的

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发表于 Post on 2023-11-15 20:08:28 | 只看该作者 Only view this author
LGX 发表于 2023-11-8 14:55
这块的话是采用编程统计出来的

请问您现在能实现多元环的统计吗?程序能否分享,有偿。

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发表于 Post on 2024-2-21 20:12:23 | 只看该作者 Only view this author
您好,请问您关于统计模型中的3-7圆环数目的脚本了么,近期我也遇到了相同问题,方便加个微信咨询一下么,我的微信:19932727003

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