Gromacs中二氧化硅作为纳米流体放入盐溶液中模拟冻结，相平衡后二氧化硅跑出盒子

CB2024 · 发表于 Post on 2025-4-17 22:42:07

老师好，我用MS将二氧化硅切面表面饱和加真空区后利用sobtop成功生成了力场和拓扑文件，随后将其导入gromacs中加盒子填充水加入nacl，可是当经历10ns相平衡后SiO2跑出盒子，请问是盒子太小了吗，还是在相平衡过程中需要固定二氧化硅或者其他原因？
现将二氧化硅的力场文件，拓扑文件以及相平衡的mdp文件以及相平衡后的gro文件以及拓扑文件上传，麻烦各位老师帮忙看看是哪里出了问题

sobereva · 发表于 Post on 2025-4-18 05:48:38

注意检查SiO2的[bonds]中是否有跨盒子的bond项，否则都不是周期性体系，作为孤立体系自然会飘动

并且你都没写periodic-molecules = yes，http://sobereva.com/soft/Sobtop里面明确说过：

在GROMACS里做此体系的动力学模拟的时候别忘了在mdp里要加上periodic-molecules = yes，这样GROMACS才能考虑跨盒子的力场项，否则当前体系从拓扑关系上会被当做一个孤立的环状体系看待。

牧生 · 发表于 Post on 2025-4-18 09:17:22

http://bbs.keinsci.com/thread-14723-1-1.html

二氧化硅的参数，你按照这个去做

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[GROMACS] Gromacs中二氧化硅作为纳米流体放入盐溶液中模拟冻结，相平衡后二氧化硅跑出盒子

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