请问各位大佬，在用gromacs生成拓扑文件时，发现如下问题，无法识别残基

15939474177 · 发表于 Post on 2025-3-12 15:48:25

本帖最后由 15939474177 于 2025-3-13 15:05 编辑

请问各位大佬，本人比较小白，在用gromacs生成超支化大分子在钠基蒙脱石的拓扑文件时(选择的力场时OPLS-AA/L)，发现如下问题，无法识别残基，除了在rtp写入残基还有没其他方法呢？（因为这个方法不太懂）用sobtop也试了没办法识别其中一些原子(可能是力场选择的不对)，生成的top文件不对，有没有什么其他解决办法呢？

Lance先生 · 发表于 Post on 2025-3-12 16:55:56

为什么不用AMBER力场+小分子GAFF力场的组合呢？此外，报错提示没有找到‘MOL‘的拓扑文件，检查一下topol.top的includ部分。

15939474177 · 发表于 Post on 2025-3-12 20:41:25

Lance先生发表于 2025-3-12 16:55
为什么不用AMBER力场+小分子GAFF力场的组合呢？此外，报错提示没有找到‘MOL‘的拓扑文件，检查一下topol.t ...

您的意思说是把分子分开来算吗？主要gromacs生成的top文件里面是空白，这个itp文件显示分子名全是MOL

Lance先生 · 发表于 Post on 2025-3-12 21:13:21

15939474177 发表于 2025-3-12 20:41
您的意思说是把分子分开来算吗？主要gromacs生成的top文件里面是空白，这个itp文件显示分子名全是MOL

一般都是将单个分子的.itp文件直接include到topol.top中，然后在topol.top文件末加上模型中各个组分的数目。我没懂你说的“gromacs生成的top文件里面是空白”是什么意思，不行把你生成的topol.top文件和.itp文件放上来看看呢。此外，我觉得可能不存在这个问题“用sobtop也试了没办法识别其中一些原子”，我往往做一次性好几千个模型的计算，都是用sobtop软件批量生成拓扑文件，没见过你这个问题，大概率是结构的问题。

15939474177 · 发表于 Post on 2025-3-13 15:06:33

Lance先生发表于 2025-3-12 21:13
一般都是将单个分子的.itp文件直接include到topol.top中，然后在topol.top文件末加上模型中各个组分的数 ...

就是我的pdb文件里残基名称全是MOL，就是力场识别不出这些残基，所以是空的，我已将pdb文件放到上面了

pal · 发表于 Post on 2025-3-13 15:19:19

把大分子和钠基蒙脱石分开分别建立力场

Lance先生 · 发表于 Post on 2025-3-13 15:26:11

15939474177 发表于 2025-3-13 15:06
就是我的pdb文件里残基名称全是MOL，就是力场识别不出这些残基，所以是空的，我已将pdb文件放到上面了

你这是个模型，还是分子啊？搞这么大。你要是拿这个MOL.pdb用sobtop生成拓扑，那sobtop大概率会奔溃。

15939474177 · 发表于 Post on 2025-3-14 21:17:22

Lance先生发表于 2025-3-13 15:26
你这是个模型，还是分子啊？搞这么大。你要是拿这个MOL.pdb用sobtop生成拓扑，那sobtop大概率会奔溃。

是的，后来就分开计算了，然后解决了，不过分子量大的还是需要编辑残基

15939474177 · 发表于 Post on 2025-3-14 21:18:03

pal 发表于 2025-3-13 15:19
把大分子和钠基蒙脱石分开分别建立力场

但是如果用sobtop还是识别不出来，没有合适的力场

jrfjrf123 · 发表于 Post on 2025-3-14 22:03:12

本帖最后由 jrfjrf123 于 2025-3-14 22:08 编辑

15939474177 发表于 2025-3-14 21:18
但是如果用sobtop还是识别不出来，没有合适的力场

非生物大分子还是别用pdb格式创建top文件，没有键连信息，packmol给你创建的时候也不会给你判断残基名称，而且你这超支化分子咋看也不太像能用生物学意义上的残基来定义（16个亚甲基咋用残基名划分，我不是学生物的不太清楚），不如直接导出mol2文件，用sobtop生成gaff力场的top、itp文件，就可以直接跑了。
pdb2gmx需要你一个个定义残基名，如果你pdb文件里的resname不在share/gromcas/top里的力场文件记录的话是没法给你转化出来gmx文件的。如果想用OPLS-AA力场的话可以考虑在sobtop里直接添加OPLS-AA力场参数到LJ_param.dat和bonded_param.dat里，不过要注意原子类型不要重复，可以只加你需要的原子类型
还有sobtop加载原子后应该会创建bonded矩阵和一系列其他信息到内存上，这会占用大量内存且随着原子数增多占用内存数会呈指数上升，所以在自己的台式机上加载大体系往往会崩溃。暴力的做法是在工作站上加载，准备个200-300GB内存应该大部分体系都没问题，但不推荐这么做，还是分成一个个组分最后在top文件里组装最好

15939474177 · 发表于 Post on 2025-3-17 11:09:34

jrfjrf123 发表于 2025-3-14 22:03
非生物大分子还是别用pdb格式创建top文件，没有键连信息，packmol给你创建的时候也不会给你判断残基名称 ...

mol2文件，用sobtop生成gaff力场的top、itp文件,这个方法试过了也不行，后来用的***云，分开生成的拓扑文件，解决了，不过你说的后面一种方法确实没试

sobereva · 发表于 Post on 2025-3-17 11:43:56

纯粹是你没正确使用sobtop，诸如没恰当定义AT_assign.dat、缺乏力场的常识（支持的元素、适合描述得体系）等

15939474177 · 发表于 Post on 2025-4-10 21:45:11

15939474177 发表于 2025-3-17 11:09
mol2文件，用sobtop生成gaff力场的top、itp文件,这个方法试过了也不行，后来用的***云，分开生成的拓扑文 ...

确实可以

15939474177 · 发表于 Post on 2025-4-10 21:45:40

sobereva 发表于 2025-3-17 11:43
纯粹是你没正确使用sobtop，诸如没恰当定义AT_assign.dat、缺乏力场的常识（支持的元素、适合描述得体系） ...

谢谢sob老师

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[GROMACS] 请问各位大佬，在用gromacs生成拓扑文件时，发现如下问题，无法识别残基

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