求助：GROMACS模拟不同温度油体系粘度，粘度低（高温）的体系分子间吸引力却更强

kijsan · 发表于 Post on 2025-4-7 15:58:25

本帖最后由 kijsan 于 2025-4-7 20:03 编辑

本人用GROMACS模拟了不同温度下的原油体系。原油组分包含沥青质、胶质、饱和烃、芳香烃四类分子，NPT系综，通过周期扰动法外推计算了体系的粘度。两个体系除了温度设置不同外，其余设置全一样。
共模拟了两个温度，288 K和348K。零剪切粘度分别为8 mPa·s（348 K）、71 mPa·s（288 mPa·s）。
后续通过rerun（cutoff值设置为略小于盒子一半），计算了组分间的库仑相互作用和范德华相互作用：
288K：LJ(SR)：-317892、Coulomb（SR）：171456；
348K：LJ(SR)：-332547、Coulomb（SR）：171106。
温度高的体系分子间相互作用吸引更强。按道理来说，分子间引力越强，粘度应该更高才对。为什么这里计算的粘度低，从能量角度来看吸引力却更强了呢？
希望各位老师指点一下。
抛开本提问的内容，温度升高分子间的相互吸引更强了，这一情况存在是否合理呢？
附：产生项文件prod.mdp、粘度计算文件vis.mdp、能量计算文件rerun.mdp。

prod.mdp (708 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

vis.mdp (606 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

rerun.mdp (728 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

牧生 · 发表于 Post on 2025-4-7 16:40:33

私以为，经典分子力场并不能很好的计算有机物体系的粘度。

kijsan · 发表于 Post on 2025-4-7 17:01:26

牧生发表于 2025-4-7 16:40
私以为，经典分子力场并不能很好的计算有机物体系的粘度。

对原油这种组分复杂的体系，确实不是很好。只能取个别代表性的组分，体系不大的情况下，误差很大。只能定性分析一下

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[GROMACS] 求助：GROMACS模拟不同温度油体系粘度，粘度低（高温）的体系分子间吸引力却更强