实验室分子动力学模拟服务器配置咨询

chengecg · 发表于 Post on 2024-11-11 16:11:20

大家好！
实验室想组装一台用于分子动力学模拟的服务器，预算在四五万的样子。下面是Sob老师的推荐（http://sobereva.com/444），想请教下还可以在哪些方面再提高下吗？谢谢！

极高性能分子动力学服务器推荐配置
CPU：AMD Ryzen 9 7950X（16核，4.5-5.7G，集显）
主板：技嘉B650M AORUS ELITE AX 小雕
CPU、主板套装价约4250
散热器：瓦尔基里GL360水冷 630元
硬盘：希捷银河企业级 8TB 256MB 7200rpm SATA3 (ST8000NM017B)  1330
显卡：微星4090D-魔龙SLIM-24G  15000（预算不够的话用微星万图师RTX 4080 SUPER 16G VENTUS 3X OC，9000）
内存：2*金士顿FURY 32GB DDR5-5200  2*650
电源：海韵FOCUS GX-1000 ATX3 1300
机箱：先马黑洞X  390
键盘鼠标：罗技MK200 多媒体套装  80
总价：约24300

牧生 · 发表于 Post on 2024-11-11 18:50:50

把数量再提高点，买两台

sss668800 · 发表于 Post on 2024-11-11 20:17:31

CPU：9950x和7950x价格差距1000以内就上9950x

内存可以升级到DDR5 6000的32G*2，价钱和5200几乎一样。

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-12 13:00:46

买两台是最佳选择。单机没有进一步可提升的余地

abin · 发表于 Post on 2024-11-12 13:11:29

我这边测试，
NAMD.GPU，在固态硬盘，跑得更快。

两台的话，每台机器，
SATA 固态做系统盘，240GB即可；
一块NVMe固态，计算读写。

两台机器，配置一个机械硬盘，做数据。

千兆或者万兆连起来， slurm控制GPU调度以及计算读写，计算读写采用本地NVMe固态硬盘，
算完毕后，数据自动拷贝到数据目录。

chengecg · 发表于 Post on 2024-11-13 15:16:29

好的，谢谢各位老师的信息！

JianyuC · 发表于 Post on 2025-4-8 16:34:35

sobereva 发表于 2024-11-12 13:00
买两台是最佳选择。单机没有进一步可提升的余地

老师你好，问个很傻的问题。看到好几个帖子里边都有老师给出类似的推荐：即预算超出一倍的情况下若单机无法再提升配置那就配两台。就比较疑惑，这两台机子是要组成双机集群吗？否则两台性能都差不多完全可以只配一台呀...配两台一模一样的总感觉有点浪费。问题很傻，老师别笑

slxc920113 · 发表于 Post on 2025-4-8 22:31:31

JianyuC 发表于 2025-4-8 16:34
老师你好，问个很傻的问题。看到好几个帖子里边都有老师给出类似的推荐：即预算超出一倍的情况下若单机无 ...

两台机子在一个局域网内，ssh可以同时访问就行。非要组成一个两个节点的迷你集群也可以，但是收益不大。
组两台的意思是你可以分别在两台机器上同时跑两个任务。

JianyuC · 发表于 Post on 2025-4-9 00:07:39

slxc920113 发表于 2025-4-8 22:31
两台机子在一个局域网内，ssh可以同时访问就行。非要组成一个两个节点的迷你集群也可以，但是收益不大。
...

谢谢解答！最近需要配机子，高强度在论坛冲浪。对小集群很感兴趣，但预算只有10W，主要用lammps跑分子动力学（偏偏目前课题的pair_style不涉及GPU加速），但又想考虑后边用到GPU加速的可能，就想搞两台，一台强CPU，一台强GPU，论坛大多不推荐强CPU强GPU放一起，但看了看目前行情社长推荐的都超预算，最后大概还是只配一台...

slxc920113 · 发表于 Post on 2025-4-9 00:28:33

JianyuC 发表于 2025-4-9 00:07
谢谢解答！最近需要配机子，高强度在论坛冲浪。对小集群很感兴趣，但预算只有10W，主要用lammps跑分子动 ...

大部分势函数都是支持GPU加速的吧，主要是要注意算法采用单精度还是双精度浮点为主。比如ReaxFF需要双精度算力，消费级显卡就不太合适，需要专业卡。

JianyuC · 发表于 Post on 2025-4-9 13:43:03

slxc920113 发表于 2025-4-9 00:28
大部分势函数都是支持GPU加速的吧，主要是要注意算法采用单精度还是双精度浮点为主。比如ReaxFF需要双精 ...

大部分确实是支持GPU加速，但目前课题主要做二维材料摩擦，用的是混合势的方案，一个描述层内一个描述层间，偏偏最耗费算力的层间势函数无任何加速版本（叫KC势），这个课题如果延续下去，大概率还得是走CPU密集型的路子，ReaxFF后边应该也会用到，涉及断裂啥的，所以就CPU和GPU都得有...

zdb · 发表于 Post on 2025-4-9 14:10:56

JianyuC 发表于 2025-4-9 00:07
谢谢解答！最近需要配机子，高强度在论坛冲浪。对小集群很感兴趣，但预算只有10W，主要用lammps跑分子动 ...

以目前GPU的市场来说，你这个不好搞，CPU要强那么9654或者9754双路，24根内存，起步也得32G单根，那么剩下的空间不大，GPU4090现在的价格快毕竟2.5W了，建议GPU可以先不考虑，预留扩容空间和电源就可以，先满足CPU

JianyuC · 发表于 Post on 2025-4-9 14:31:39

本帖最后由 JianyuC 于 2025-4-9 14:32 编辑

zdb 发表于 2025-4-9 14:10
以目前GPU的市场来说，你这个不好搞，CPU要强那么9654或者9754双路，24根内存，起步也得32G单根，那么剩 ...

如果是这样的话，我确实比较偏向于直接先组一台纯CPU机子，后边有需求需要扩容的话，直接再另组一台GPU机子，看论坛的许多老师都不推荐强CPU和强GPU放在一起，10W预算不一定非要一次性榨干。不过目前我还在论坛学习和熟悉相关内容，不敢妄言，等了解差不多了再开贴请教各位老师

tonganlhy · 发表于 Post on 2025-4-9 16:56:40

JianyuC 发表于 2025-4-9 14:31
如果是这样的话，我确实比较偏向于直接先组一台纯CPU机子，后边有需求需要扩容的话，直接再另组一台GPU机 ...

不是不推荐强CPU和强GPU。而是说要用GPU的机子推荐单核能力强的，加成高。9754和9654虽然多核强，但是单核是比较弱的。组GPU可以等amd ryzen al

JianyuC · 发表于 Post on 2025-4-9 19:40:09

tonganlhy 发表于 2025-4-9 16:56
不是不推荐强CPU和强GPU。而是说要用GPU的机子推荐单核能力强的，加成高。9754和9654虽然多核强，但是单 ...

嗯，这一点我还是知道的。又看了一些帖子，目前觉得就是再先好好确定一下需求，考察一下GPU对当前和延申课题模拟程序的贡献有多大提升，说来惭愧，课题做了一年多居然都没去好好研究GPU加速，纯粹就是CPU多核并行硬算，而且之前用的一直还是美国那边的超算（导师白嫖他导师的），现在账号被锁了才让我给配一台以解燃眉之急...总体确实倾向于先配一台纯CPU的机子

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