求助：怎么修改原子属性？比如type

林俊杰 · 发表于 Post on 2025-7-28 16:23:34

我用cp2k算出来的溶液模型，放到VMD里，发现两种不同的氧原子各种属性都是相同的，但是我想区分开算RDF，请问有什么快速的方法区分开吗？

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-7-28 16:52:31

这取决于“两种不同的氧原子”的选区具体是怎么定义的，选区会不会随时间变化而增减原子等细节，不清楚的话可以上传示例结构看看。如果不是动态改变的，轨迹中各帧选区都和初始一致，可以尝试把第一帧结构转存为mol2或pdb等格式并区分原子类型（pdb暂时借用残基名那列来写），在分析时先载入这个文件，删除molecule里仅有的一帧再把轨迹载入该分子。也可以尝试在命令行里按原子序号创建选区再自行赋类型。

林俊杰 · 发表于 Post on 2025-7-28 18:03:55

本帖最后由林俊杰于 2025-7-28 18:41 编辑

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-7-28 16:52
这取决于“两种不同的氧原子”的选区具体是怎么定义的，选区会不会随时间变化而增减原子等细节，不清楚的话 ...

感谢！！！

林俊杰 · 发表于 Post on 2025-7-29 17:38:57

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-7-28 16:52
这取决于“两种不同的氧原子”的选区具体是怎么定义的，选区会不会随时间变化而增减原子等细节，不清楚的话 ...

你好，我的pdb文件没有残基名，然后我就改了一下原子名称，把另外一种O改成了O1，但是算出来的RDF结果并不正确，请问我一定是需要加残基名吗

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