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[GROMACS] gmx算静电相互作用能出现值零的现象

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    各位老师好,最近在做蛋白配体在电场下的分子动力学模拟,在添加完电场后,rerun轨迹想算蛋白配体的相互作用能。rerun的mdp文件里的静电相互作用计算已由PME改为cut-off。同时rcoulomb 及rvdw均增大但小于盒子最短边长的一半。如图1所示。但是计算完查看,两者的静电相互作用能为零(图2所示)。我觉得很有问题,但找不到问题出现在哪里。   请各位老师以及社长指点一下,十分感谢!
   rerun的mdp文件已上传,r1 r2分别为Protein与配体。

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rerun文件设置

rerun文件设置

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2.png

md.mdp

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rerun的mdp文件

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发表于 Post on 2022-2-21 10:38:11 | 只看该作者 Only view this author
光从mdp上看不出有什么问题,没其它信息没法判断
注意检查组的定义、原子电荷等设置
原理上mdp里有无electric-field-x不会对此有影响,但为了确认是否有bug,去了electric-field-x再rerun也试一下。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-21 11:05:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-21 10:38
光从mdp上看不出有什么问题,没其它信息没法判断
注意检查组的定义、原子电荷等设置
原理上mdp里有无elec ...

谢谢社长,我试下
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