gromacs小分子力场问题求助

沙漠猎人

请问我用antechamber+acpype生成了小分子配体的力场itp文件，但是在用gromacs添加离子的时候，却报错
Fatal error:
Atomtype c3 not found
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
我看了ligand.itp文件是这样
[ atomtypes ]
;name   bond_type     mass     charge   ptype   sigma         epsilon       Amb
c3       c3          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   4.57730e-01 ; 1.91  0.1094
c2       c2          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
ce       ce          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
o        o           0.00000  0.00000   A     2.95992e-01   8.78640e-01 ; 1.66  0.2100
c        c           0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
hc       hc          0.00000  0.00000   A     2.64953e-01   6.56888e-02 ; 1.49  0.0157
ha       ha          0.00000  0.00000   A     2.59964e-01   6.27600e-02 ; 1.46  0.0150

[ moleculetype ]
;name            nrexcl
W2A              3

[ atoms ]
;   nr  type  resi  res  atom  cgnr     charge      mass       ; qtot   bond_type
     1   c3     1   W2A    C1    1    -0.177100     12.01000 ; qtot -0.177
     2   c2     1   W2A    C2    2     0.597801     12.01000 ; qtot 0.421
     3   ce     1   W2A    C3    3    -0.594201     12.01000 ; qtot -0.174
     4    o     1   W2A    O4    4    -0.759798     16.00000 ; qtot -0.933
     5    c     1   W2A    C5    5     0.590801     12.01000 ; qtot -0.342
     6   c3     1   W2A    C6    6    -0.177100     12.01000 ; qtot -0.520
     7    o     1   W2A    O7    7    -0.733601     16.00000 ; qtot -1.253
     8   hc     1   W2A    H8    8     0.026033      1.00800 ; qtot -1.227
     9   hc     1   W2A    H9    9     0.026033      1.00800 ; qtot -1.201
    10   hc     1   W2A   H10   10     0.026033      1.00800 ; qtot -1.175
    11   ha     1   W2A   H11   11     0.097000      1.00800 ; qtot -1.078
    12   hc     1   W2A   H12   12     0.026033      1.00800 ; qtot -1.052
    13   hc     1   W2A   H13   13     0.026033      1.00800 ; qtot -1.026
    14   hc     1   W2A   H14   14     0.026033      1.00800 ; qtot -1.000
对照了用PRODRG计算的结果，发现就是atomtype没有识别，请问我应该怎么修改？

qczgzly

检查一下有没有在top文件里

#include "ligand.itp"

沙漠猎人

qczgzly 发表于 2017-9-1 16:09
检查一下有没有在top文件里

#include "ligand.itp"

在top文件里面，加了的

ruanyang

[ atomtypes ]
;name   bond_type     mass     charge   ptype   sigma         epsilon       Amb
c3       c3          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   4.57730e-01 ; 1.91  0.1094
c2       c2          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
ce       ce          0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
o        o           0.00000  0.00000   A     2.95992e-01   8.78640e-01 ; 1.66  0.2100
c        c           0.00000  0.00000   A     3.39967e-01   3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
hc       hc          0.00000  0.00000   A     2.64953e-01   6.56888e-02 ; 1.49  0.0157
ha       ha          0.00000  0.00000   A     2.59964e-01   6.27600e-02 ; 1.46  0.0150

把这部分内容放到top文件中的#include "ligand.itp" 前面，在试试

gchen001

是不是应该把  .ff 文件拷贝到本地，在 .ff 文件夹中定义原子类型的文件中把 ligand.itp 里的 atomtypes 这一项内容剪切过去。而 ligand.itp 中 保留除 【atomtype】的所有项，用 include 包含在整个topology文件中。

sobereva

atomtypes得放到所有引入的moleculetype的前头。既可以把这些内容合并到力场文件里的atomtypes中，也可以放在top里，会和力场文件里的atomtypes里的内容相累加