amber文件处理时水盒子

洁洁lili · 发表于 Post on 2021-11-4 11:16:13

最近在准备跑靶向分子动力学但是要求始态与终态的分子量一致
准备好的文件显示水分子的数量是不一致的
请问能如何处理呢？
（我导出了pdb文件，直接删除了一定数量的水分子，然后重新准备不加水盒子，但是会报error）

rpestana94 · 发表于 Post on 2021-11-4 22:30:05

You can use packmol to build your system or you can use solvate.sh which is in this path: $AMBERHOME/AmberTools/src/etc/Solvate.sh, I have never used it but in the amber manual it said you can solvate with a specific number of water molecules

洁洁lili · 发表于 Post on 2021-11-8 10:18:18

rpestana94 发表于 2021-11-4 22:30
You can use packmol to build your system or you can use solvate.sh which is in this path: $AMBERHOME ...

非常感谢

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