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[综合交流] 请教MD盒子与周期镜像问题

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本帖最后由 一条君 于 2022-2-19 00:39 编辑

体系是十几条链状低聚物与水的混合液,低聚物长约4nm,初始建模时立方盒子有8nm,与边界距离大于cutoff,但是npt过程中盒子变成了约4nm,没有约束平动转动,用mindist查看最小距离只有0.1nm<cutoff,(1)请问盒子尺寸发生变化不能保证边界距离时应该如何操作避免镜像作用呢?谢谢~
(2)老师说过立方盒子不需要担心旋转问题,所以是不是和旋转没关系
(3)加真空层对吗?感觉不是最优方法,谢谢各位老师

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发表于 Post on 2022-2-19 14:05:36 | 只看该作者 Only view this author
既然盒子尺寸减小了一倍,就用gmx genconf把当前模拟完的盒子各个方向平移复制一次还原成8nm长度的盒子继续跑

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-21 00:30:35 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 一条君 于 2022-2-21 00:32 编辑
sobereva 发表于 2022-2-19 14:05
既然盒子尺寸减小了一倍,就用gmx genconf把当前模拟完的盒子各个方向平移复制一次还原成8nm长度的盒子继续 ...

请问老师,对应的top文件改成这样对吗,重复写8次,和复制的gro结构对应,谢谢
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发表于 Post on 2022-2-21 20:15:55 | 只看该作者 Only view this author
一条君 发表于 2022-2-21 00:30
请问老师,对应的top文件改成这样对吗,重复写8次,和复制的gro结构对应,谢谢
[ molecules ]
; Compou ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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