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[综合讨论] 请问下想研究染料如何结合在二氧化钛上的MD 应该从哪里开始

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老师好,想研究染料怎么连到二氧化钛上。主要是根据这篇文献来。(First-Principles Modeling of the Adsorption Geometry and Electronic Structure of Ru(II)
Dyes on Extended TiO2 Substrates for Dye-Sensitized Solar Cell Applications)请问下该怎么入手呢。用什么软件比较简单呢? 在测MD 之前需要优化染料和二氧化钛的结构吗?谢谢

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发表于 Post on 2020-6-6 10:28:49 | 只看该作者 Only view this author
那叫计算MD,不叫测MD

染料连接二氧化钛上的文章多了去了,看文中的结构都是怎么摆的。gview等就可以建模。
非常重要的是,不管研究什么,都绝对不要只看、只效仿一篇文章,否则会被一叶障目,而不知道一般情况、大多数人都是怎么做的。
具体怎么做看你具体想研究什么,跑MD在这类体系的研究文章中的是极少数。不仅耗时很高,也未必能得到你感兴趣的信息。诸如你要研究激发态、电子转移,通常都是Gaussian等量化程序基于簇模型来做,并结合Multiwfn做波函数分析表征电子激发过程的电荷转移。

由于这种体系直接摆出来结构可能明显不理想,跑MD前最好进行优化。
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发表于 Post on 2020-7-10 23:15:31 | 只看该作者 Only view this author
如果你不跑动力学,只计算作用的结构,性质的话,比如构型,轨道,光谱,那是需要做结构优化的,如果你要研究相互作用的稳定性,那最好还是做动力学计算,看看体系的作用在温度,压力等情况下随时间的稳定性。
刚开始计算的话,体系最好不要太大,计算熟悉了以后,可以慢慢加大体系。还是要多看看其它的文章,像群主说的那样。
I am freeman.....

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