有什么软件或者算法是采用String method方法来处理过渡态和反应路径的吗？

Jack · 发表于 Post on 2019-8-30 22:01:27

最近了解到string method可以用来寻找过渡态和反应路径，请问目前有什么软件或者算法是采用这个方法来处理过渡态和反应路径的吗？谢谢！

我google了下，目前只找到molecularGSM（https://github.com/ZimmermanGroup/molecularGSM）。

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-30 22:04:16

这里有string的相关信息。在分子体系上极少有使用，与之类似的NEB倒是已经有些程序支持了，比如ORCA、NWChem
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44

Jack · 发表于 Post on 2019-8-30 22:14:44

本帖最后由 Jack 于 2019-8-30 22:18 编辑

sobereva 发表于 2019-8-30 22:04
这里有string的相关信息。在分子体系上极少有使用，与之类似的NEB倒是已经有些程序支持了，比如ORCA、NWChe ...

嗯嗯，谢谢sob老师！这篇文章之前拜读了，受益很大。NEB、CINEB在VASP上也支持。“string方法在分子体系上很少使用”，那这种方法在什么体系上使用较多？

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-8-31 12:50:59

如果是MD的话，string有一些软件支持，但是也需要较大的计算量

比如NAMD+colvars就支持采用string方法寻找反应路径
http://www.ks.uiuc.edu/Training/ ... tutorial-string.pdf

Jack · 发表于 Post on 2019-8-31 19:09:04

fhh2626 发表于 2019-8-31 12:50
如果是MD的话，string有一些软件支持，但是也需要较大的计算量

比如NAMD+colvars就支持采用string方法寻 ...

嗯嗯，谢谢！

beefly · 发表于 Post on 2019-8-31 21:27:36

qchem有这个东西
https://manual.q-chem.com/5.2/Ch10.S2.html

Jack · 发表于 Post on 2019-8-31 22:18:14

beefly 发表于 2019-8-31 21:27
qchem有这个东西
https://manual.q-chem.com/5.2/Ch10.S2.html

嗯嗯，谢谢！Q-Chem上还有一个online webinar是关于“Exploring Reaction Paths Using the Freezing String Method” 的，目前我怕还不能去youtube上下载，后面我下载好了附链接上来。
另外，Q-Chem上面的这一块计算就是我上面贴出来的搞GSM的课题组弄的。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[理论与算法] 有什么软件或者算法是采用String method方法来处理过渡态和反应路径的吗？

浏览过的版块