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[GROMACS] 求助,任务运行到4μs出现lincs warning(已)

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本帖最后由 路过的一只 于 2019-6-14 14:49 编辑

我试着续跑也可以继续…可这个问题的原因和影响还不是很清楚,求教各位……



mdp文件如下


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发表于 Post on 2019-6-14 13:19:14 | 只看该作者 Only view this author
动力学不稳定。小步长往往可解决。如果跑下去后来没有异常,轨迹也没问题,无视也可以

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-14 14:48:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-14 13:19
动力学不稳定。小步长往往可解决。如果跑下去后来没有异常,轨迹也没问题,无视也可以

好的~谢谢sob老师!!

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发表于 Post on 2019-6-21 11:41:31 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 青青青 于 2019-6-21 11:50 编辑

楼主,我也出现了这个错误,但是我的出现这个提示后,模拟就停,如下,请问你怎么继续运行的呢?感谢。
我的步长也是2fs。
对于生成的dd_dump_err_0_n1.pdb,请问是什么呢?



b3e145bfd1d439ee0d6e3903c4df75f.png (86.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

b3e145bfd1d439ee0d6e3903c4df75f.png
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发表于 Post on 2019-6-21 11:46:52 | 只看该作者 Only view this author
青青青 发表于 2019-6-21 11:41
楼主,我也出现了这个错误,但是我的出现这个提示后,模拟就停,如下,请问你怎么继续运行的呢?谢谢。
我 ...

用1fs步长跑一阵子,等稳定了再换成2fs
1fs都不行的话8成拓扑文件或者mdp有硬伤
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-6-21 11:53:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-21 11:46
用1fs步长跑一阵子,等稳定了再换成2fs
1fs都不行的话8成拓扑文件或者mdp有硬伤

好的,谢谢老师。
老师,请问生成的dd_dump_err_0_n1.pdb是用来检查体系的错误吗,还有类似的step439425c_n4.pdb。
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发表于 Post on 2019-6-21 22:49:30 | 只看该作者 Only view this author
青青青 发表于 2019-6-21 11:53
好的,谢谢老师。
老师,请问生成的dd_dump_err_0_n1.pdb是用来检查体系的错误吗,还有类似的step439425 ...

诸如step439425c是崩溃前自动导出的pdb,你可以根据其判断是否是因为结构出现了严重不合理最终导致崩溃
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发表于 Post on 2019-6-23 00:40:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-21 22:49
诸如step439425c是崩溃前自动导出的pdb,你可以根据其判断是否是因为结构出现了严重不合理最终导致崩溃

好的,谢谢老师
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