求助表面吸附和NEB的几个问题？

将军金甲夜不脱

1.一开始计算时用的1 1 1k点，算了几个吸附后，发现vaspkit推荐的是2 2 1，现在我能否在这些已经算好的模型基础上，cp CONTCAR POSCAR,修改k点为2 2 1，继续优化呢?
2.在优化好的表面Mo顶位吸附原子，吸附一个优化，再吸附优化，这样一个个吸附。还是直接把所有位点要吸附的原子一起丢上去，一块优化，就优化一次。这两种情况是否一个意思？
3.算NEB的时候，看网上教程，把衬底全固定了。想知道算NEB,是先全固定得到初步收敛，再放开一部分重算NEB。还是像优化时那样只固定下面两层？

卡开发发

1、可以用已经优化完的结果继续优化，不过能快多少很难说，k点取得不合理说不定1x1优化出来的最终结构和2x2的结果显著不同也是有可能的，所以计算前最好做好收敛性测试。
2、如果是共吸附，多个吸附物之间作用比较显著，还是一块放上去比较好。因为吸附物之间的相互作用可能会导致各个吸附物独立吸附时的位置。
3、如果表面的原子和吸附物同时都参与了反应呢（或者说表面原子不做固定情况下得到的过渡态根本不同于固定情况下）？做之前还是应该想清楚为什么那样做，这个模型在物理或化学上意味着什么，而不是照搬教程。

reductioncat.

1.可以
2. 我没有懂你的意思。 但是如果你比较晚吸附的原子 和之前的结构相关 你一次性丢上去优化 可能会有点糙。 若是如此 建议一步步来
3. 建议你做NEB的时候和你做优化时候固定的原子是一样的。 因为NEB就是加了限制的结构优化。

将军金甲夜不脱

reductioncat. 发表于 2020-5-22 11:37
1.可以
2. 我没有懂你的意思。 但是如果你比较晚吸附的原子 和之前的结构相关 你一次性丢上去优化 可能会 ...

您好。感谢您的回答！对于2问题，可能是我见识的太少了，感觉您的说法和2楼楼卡开发发老师的说法相矛盾呢，如果可以还希望您能指教一下这两种说法有什么不同。我其实就是要吸附很多个铜原子，然后看这些铜原子最终是什么构型。然后比较能量，大概就是这样子的。现在我也不知道要怎么吸附了。

reductioncat.

将军金甲夜不脱 发表于 2020-5-22 14:18
您好。感谢您的回答！对于2问题，可能是我见识的太少了，感觉您的说法和2楼楼卡开发发老师的说法相矛盾呢 ...

卡开发发老师说的也对。 他是比较有效率的办法 我理解的 原因是他已经有一个对于合理对结构的initial guess. 我之前说的糙 是因为是我没有一个initial guess。 不知道10个原子的cluster 长怎么样 所以就一步步从 7,8,9, n .... 个原子去推n+1的结构。

将军金甲夜不脱

reductioncat. 发表于 2020-5-22 23:23
卡开发发老师说的也对。 他是比较有效率的办法 我理解的 原因是他已经有一个对于合理对结构的initial gue ...

我的也是没有初猜。不能很好的预见优化后的构型。看文献中和我不同的衬底，形成cu团簇的形状，是否就是我的cu团簇的形状？（也就是说都是N个的cu团簇，在不同衬底上形成的cluster是否一样？）

reductioncat.

将军金甲夜不脱 发表于 2020-5-23 16:36
我的也是没有初猜。不能很好的预见优化后的构型。看文献中和我不同的衬底，形成cu团簇的形状，是否就是我 ...

你可以按文献试试 发现不同再解释