求助：DMOL3计算原子能量差距很大

youtuBo

本人想用dmol3计算Pb原子在脱羟基高岭石表面的吸附能，先计算了高岭石表面的能量和Pb吸附在表面上的能量，然后将Pb原子放在表面一样的晶格当中进行计算的时候，有一个use symmetry选项，不选中的话计算结果达到了-19527.730404Ha，选中的话只有-120.845507Ha 。这到底是怎么回事啊？
而且计算的时候，吸附能都在-1.0~-0.9Ha，这个合理吗，换算成KJ/mol的话都2000多了吧不论是我计算的铝表面还是硅表面都是这么大，我不过是把表面上拿走了1~2个Al原子或者是Si原子还有O原子，吸附能会达到这么大吗？？

卡开发发

1、这种情况的吸附能按照Pd bulk的1/N能量来算原子比较合理，其中N是bulk内Pd原子数。即便算单个原子的能量也没必要放在与吸附系统等大的盒子内，对于DMol3可以不使用周期边界，而其他平面波程序也应当用大盒子来模拟孤立的原子。
2、我不知道你是否use symmetry为啥可以差别这么大，要不然把outmol上传看看再进行排查。

youtuBo

卡开发发 发表于 2019-5-30 13:00
1、这种情况的吸附能按照Pd bulk的1/N能量来算原子比较合理，其中N是bulk内Pd原子数。即便算单个原子的能量 ...

请问是否使用周期边界是在哪里设置呢？两种计算的outmol文件已上传感谢啊

卡开发发

youtuBo 发表于 2019-5-30 14:45
请问是否使用周期边界是在哪里设置呢？两种计算的outmol文件已上传感谢啊

1、是否使用周期边界取决于你建立的模型，也就是visualizer显示的那个，有没有那个“框子”。如果是有框子的去除掉，可以unbuild crystal。
2、Pb.txt里面用了DSPP的赝势，在Cell volume        26835.553 a0^3这个下面的部分： DSPP: PWC_PBE s 01d21 release   rcore=  2.40  zval=  14.00  82.00
而Pb1.txt做的是全电子计算，两者的绝对能量自然不会一样，Pb这样的体系还是建议采用赝势，能够将标量相对论等效地考虑在赝势中。
3、不推荐参考Pb原子，即便这样做，Pb的最外层电子组态是s2 p2，两个p电子应当平行排，是开壳层，为何用限制自旋的方法？

youtuBo

卡开发发 发表于 2019-5-30 19:43
1、是否使用周期边界取决于你建立的模型，也就是visualizer显示的那个，有没有那个“框子”。如果是有框 ...

请问不推荐参考Pb原子是什么意思
计算Pb原子时，因为不太明白外层电子等，所以采取的默认设置，即限制自旋。那么现在是应该设置为不限制自旋，同时采取赝势来计算Pb单个原子的能量吗

卡开发发

youtuBo 发表于 2019-5-31 10:06
请问不推荐参考Pb原子是什么意思
计算Pb原子时，因为不太明白外层电子等，所以采取的默认设置，即限制自 ...

1、建议用Pd bulk的1/N 能量来算，上面以及提到。独立的Pd原子不稳定，一般不作为参照。
2、是，建议在electronic configuration设置自旋为2并开启自旋极化，采用赝势算。包括你吸附的那个结构也得这么考虑。