求助用gromacs模拟选的amber力场，力场参数怎么获得

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-3-15 12:19:02

本帖最后由晓滨MD 于 2019-3-15 12:26 编辑

第一次用amber力场跑模拟，但是里面的min、nvt、npt、md.mdp文件从哪里可以得到，是不是还需要修改一下才能用

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-15 12:45:24

mdp文件自己写，这控制的是模拟参数，跟你用什么力场没直接关系

nachtmusik · 发表于 Post on 2019-3-15 13:04:22

柒月小鱼 · 发表于 Post on 2019-3-15 16:05:12

nachtmusik 发表于 2019-3-15 13:04
你可以参考一下我的笔记https://zhuanlan.zhihu.com/p/59070901

要是我开始学gmx的时候看到这个教程就好了

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-3-27 21:08:42

nachtmusik 发表于 2019-3-15 13:04
你可以参考一下我的笔记https://zhuanlan.zhihu.com/p/59070901

大佬，教教我怎么创建gromacs联用的gaff力场，谢谢大佬

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-28 03:14:37

晓滨MD 发表于 2019-3-27 21:08
大佬，教教我怎么创建gromacs联用的gaff力场，谢谢大佬

直接用acpype产生分子的基于GAFF力场的itp文件，include进主top文件就完了

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