关于vmd中atoms的名称和index

jitalaoui · 发表于 Post on 2018-5-17 19:40:14

大家好，我想请问一下vmd中可以通过tcl脚本来实现通过index得到相对应的atoms的名称吗？我想保存所有atoms的名称和index到文件里，请问tcl脚本应该怎么实现？

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-17 20:01:44

比如把感兴趣的原子定义为了atomselect0，运行atomselect0 get name就得到了所有原子名，运行atomselect0 list就得到了所有index。如果要按照[index] [名字]格式输出也很容易，循环一下list即可

jitalaoui · 发表于 Post on 2018-5-17 21:28:55

本帖最后由 jitalaoui 于 2018-5-17 21:40 编辑

sobereva 发表于 2018-5-17 20:01
比如把感兴趣的原子定义为了atomselect0，运行atomselect0 get name就得到了所有原子名，运行atomselect0 l ...

哦哦好的，谢谢sob老师。但是，我试了下，get name 得到的只是 N，H1,H2,CA这些，有什么方法可以得到具体的比如ASP62:OD1这种吗？

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-17 22:16:30

atomselect0 get resname

jitalaoui · 发表于 Post on 2018-5-18 09:05:34

sobereva 发表于 2018-5-17 22:16
atomselect0 get resname

哦哦，好的，谢谢sob老师

赵云跳槽 · 发表于 Post on 2018-5-21 18:05:14

sobereva 发表于 2018-5-17 20:01
比如把感兴趣的原子定义为了atomselect0，运行atomselect0 get name就得到了所有原子名，运行atomselect0 l ...

那个循环咋写，能不能写下，简单学学下vmd脚本

978142355 · 发表于 Post on 2018-5-21 19:59:51

赵云跳槽发表于 2018-5-21 18:05
那个循环咋写，能不能写下，简单学学下vmd脚本

比如你要找某个蛋白质中所有的N元素。
atomselect top "name N"  #选定顶层的结构中元素为N的部分
set sel1 [atomselect0 list] #获得元素为N部分的index
set sel2 [atomselect0 get name] #获得原子名称
foreach i $sel1 j $sel2 {    #循环sel1和sel2列表，即index和name
puts "$i $j" #对应输出标号和name，如2  N
}

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