如何理解手册中非键参数的组合规则以及其与LJ势公式的关系？

jase20 · 发表于 Post on 2017-10-16 22:00:35

本帖最后由 jase20 于 2017-10-16 22:01 编辑

各位老师同学好，在GROMACS手册的4.1.1节中写了LJ公式，给了两个形式（公式4.3和公式4.5）。同样在手册的5.3.2这一节的nonbond_param这一节中，写了参数V（C6或者sigma），W（C12或epsilon），看到这里我就有点疑惑了，在公式4.5中的epsilon不是整个函数的系数吗？为什么能和公式4.3的C12相等同呢？如果C12为零，说明还有C6这一吸引项，可如果epsilon为0，那么整个函数的值不就为零了吗？请问如何这里如何理解呢？公式4.5和公式4.3的换算是什么样的过程呢？
另外还有一个问题就是，如果我定义了一个虚原子，我只想我的虚原子和我定义的另一个虚原子之间有相互作用，该如何在top中定义呢？

sobereva · 发表于 Post on 2017-10-16 23:13:11

有很简单的转换关系

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-10-16 23:50:01

https://en.wikipedia.org/wiki/Lennard-Jones_potential

jase20 · 发表于 Post on 2017-10-17 22:11:19

sobereva 发表于 2017-10-16 23:13
有很简单的转换关系

谢谢老师，那非键参数那一节的意思就是说对于不同的组合规则，使用的公式形式不同是这样吗？那如果定义W为零，也就是epsilon为零，那整个LJ势能函数的值不就为零了吗？这如何理解呢？

jase20 · 发表于 Post on 2017-10-17 22:11:29

fhh2626 发表于 2017-10-16 23:50
https://en.wikipedia.org/wiki/Lennard-Jones_potential

谢谢啦

sobereva · 发表于 Post on 2017-10-17 22:17:43

jase20 发表于 2017-10-17 22:11
谢谢老师，那非键参数那一节的意思就是说对于不同的组合规则，使用的公式形式不同是这样吗？那如果定义W ...

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 如何理解手册中非键参数的组合规则以及其与LJ势公式的关系？

评分 Rate

浏览过的版块