如何在gromacs软件中，应用glycam力场以及gaff力场？

努力向上的boy · 发表于 Post on 2020-7-31 16:46:01

本人使用了利用glycam网页生成了糖类的glycam力场，但是gromacs软件中没有glycam力场，自己有小分子想用gaff力场，现在有两个问题：1.如何实现glycam和gaff力场在gromacs软件的应用？
2.像amber，charmm等gromacs软件中存在的力场，如果有新版本在官网中直接下载后，放到gromacs中top文件下就可以了吗？这些新的版本是不是都要用gromacs版本的，对于没有gromacs应该如何实现应用？
谢谢老师的解答。

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-31 22:45:48

1 用acpype产生相小分子GAFF力场的拓扑文件
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

2 如果有人做了相应力场的gmx的包，直接放在top目录下面即可
“这些新的版本是不是都要用gromacs版本的”病句

努力向上的boy · 发表于 Post on 2020-8-1 21:48:50

sobereva 发表于 2020-7-31 22:45
1 用acpype产生相小分子GAFF力场的拓扑文件
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com ...

谢谢老师您的解答。我还有两个问题：1、我生成了相应的glycam力场拓扑了，并且转化成了gromacs格式，但是gromacs软件中没有glycam力场的文件，使用的过程不会报错？我想的是可以把glycam力场文件包像其他力场一样放到gromacs软件的top文件下吗，这样我可以用pdb2gmx生成拓扑了。
2、我想的是比如官网有个charmm力场2017gromacs版本的，而我想用2018版本的，对应的没有gromacs版本，这样就不能直接放到gromacs软件的top文件下吧

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-2 04:18:12

努力向上的boy 发表于 2020-8-1 21:48
谢谢老师您的解答。我还有两个问题：1、我生成了相应的glycam力场拓扑了，并且转化成了gromacs格式，但是 ...

1 这看你的拓扑文件里是否已经带了参数了。如果直接带了参数，就不需要再给个glycam力场目录

2 CHARMM力场官网上的gmx力场包兼容目前gmx最新版本

842655799 · 发表于 Post on 2020-11-18 21:35:52

题主可以交流一下吗，有些问题想请教一下
842655799@qq.com

huhuhutian · 发表于 Post on 2021-8-26 15:08:37

怎么生成相应的glycam力场拓扑，有gro，itp文件吗

mol · 发表于 Post on 2022-1-27 10:23:04

楼主您好，请问网站上生成的力场文件*.parm7如何转换成gromacs力场格式呀

panernie · 发表于 Post on 2022-1-27 10:53:54

mol 发表于 2022-1-27 10:23
楼主您好，请问网站上生成的力场文件*.parm7如何转换成gromacs力场格式呀

acpype

panernie · 发表于 Post on 2022-1-27 10:56:45

panernie 发表于 2022-1-27 10:53
acpype

http://bbs.keinsci.com/thread-6944-1-1.html 看一下这个主题

mol · 发表于 Post on 2022-1-27 11:39:43

panernie 发表于 2022-1-27 10:56
http://bbs.keinsci.com/thread-6944-1-1.html 看一下这个主题

搞定了，感谢您的帮助

sxj886 · 发表于 Post on 2022-10-11 22:27:44

sobereva 发表于 2020-8-2 04:18
1 这看你的拓扑文件里是否已经带了参数了。如果直接带了参数，就不需要再给个glycam力场目录

2 CHARMM ...

sob老师好，我想问一下，GAFF力场该怎么获得，我下载了Amber Tools但是不太会用，在sobtop里找到了GAFF.itp，但是我该怎么找到可以放到gromacs中top下的文件夹呢？谢谢sob老师，麻烦您了！

sobereva · 发表于 Post on 2022-10-12 01:06:25

sxj886 发表于 2022-10-11 22:27
sob老师好，我想问一下，GAFF力场该怎么获得，我下载了Amber Tools但是不太会用，在sobtop里找到了GAFF.i ...

把http://sobereva.com/soft/Sobtop完整看了
跟AmberTools毫无直接关系。本来也没什么必然性非得动GAFF.itp，搞清楚GROMACS的拓扑文件的规则、各个字段都是干嘛的、模拟涉及的参数是从什么文件里取的
分清楚力场和拓扑文件，GAFF力场是原文里定义的。感觉你都没搞清楚什么叫力场

如果缺乏GROMACS基本常识，分子模拟基本概念还很混乱的话，建议参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）系统学一遍，要不然大概率瞎折腾很久也跑不出有用的模拟结果，这点我在http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ1里也说了

1015866003 · 发表于 Post on 2023-3-2 16:22:30

sxj886 发表于 2022-10-11 22:27
sob老师好，我想问一下，GAFF力场该怎么获得，我下载了Amber Tools但是不太会用，在sobtop里找到了GAFF.i ...

这个问题我也很苦恼，搞定了吗同学，要不一起交流吧，2230296216@qq.com

chuxuedexiaobai · 发表于 Post on 2023-7-1 13:20:35

您好，我想问一下糖类glycam力场文件是怎么生成的，我用这个网站没办法得到我自己想要的多糖的文件，然后画出来的分子和我要的不一样，生成的文件也只有pdb文件，我想知道多糖clycam力场的itp文件应该怎么得到呀，可以讲以下嘛，非常感谢

包鑫鑫 · 发表于 Post on 2024-5-30 17:31:08

[quote]本人使用了利用glycam网页生成了糖类的glycam力场
请问glycam网页可以根据糖蛋白的pdb文件生成glycam力场吗

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[GROMACS] 如何在gromacs软件中，应用glycam力场以及gaff力场？

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