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[GROMACS] gmx能否跑带电基团,比如水合氢离子这种体系的水合自由能呢?

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本帖最后由 Lance先生 于 2025-4-11 10:09 编辑

各位大佬好,本人在处理有机小分子的溶剂化自由能时产生一个疑问,就是gmx能否跑带电基团,比如水合氢离子这种体系的水合自由能呢?请各位大佬赐教。
愿艾欧尼亚之灵指引你。

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发表于 Post on 2025-4-10 22:32:44 | 只看该作者 Only view this author
经典力场对一般的带电离子和中性分子的处理都差不多,但是水合氢离子可不一般……隔壁量子化学计算的结果和方法见http://bbs.keinsci.com/thread-7077-1-1.htmlhttp://bbs.keinsci.com/thread-25729-1-1.html
√546=23.36664289109

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发表于 Post on 2025-4-11 01:53:28 | 只看该作者 Only view this author
那叫水合自由能,不叫水和自由能
基于普通力场算不准质子的水合自由能,量子化学方式较可靠方式计算的见楼上提到的帖子里的我的回帖
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-11 10:05:53 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-10 22:32
经典力场对一般的带电离子和中性分子的处理都差不多,但是水合氢离子可不一般……隔壁量子化学计算的结果和 ...

谢谢大佬。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-11 10:06:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-11 01:53
那叫水合自由能,不叫水和自由能
基于普通力场算不准质子的水合自由能,量子化学方式较可靠方式计算的见楼 ...

谢谢社长。
愿艾欧尼亚之灵指引你。

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