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[GROMACS] 更改mdp中的参数后,如何进行续跑呢?

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本帖最后由 Willow0114 于 2024-9-26 15:10 编辑

我在学习gromacs的过程中,有时候会遇到关于续跑的问题。比如解决segmentation fault问题时,参考了社长在Sobtop (sobereva.com)中写的 ,这里提到“续跑时候可再切换回2 fs步长+约束照常跑”,因为更改涉及到了mdp文件的更改,那么续跑命令应该如何编写呢?原先跑的命令是:gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md.tpr;gmx mdrun -v -deffnm md -gpu_id 0 -nt 25

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发表于 Post on 2024-9-26 15:52:41 | 只看该作者 Only view this author
把1 fs步长当成平衡,2 fs步长作为正式的产生相模拟
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发表于 Post on 2024-9-26 22:44:37 | 只看该作者 Only view this author
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)这页ppt,在新的任务的mdp里把步长改成2fs
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-3-4 17:05:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 JillW 于 2025-3-4 17:07 编辑
sobereva 发表于 2024-9-26 22:44
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)这页ppt, ...

请问卢老师,如果是运行的中途人为地把任务中止了(因为想修改输出频率),能否使用当前最后一帧的gro文件和修改后的mdp文件基于cpt生成新的tpr文件用于续算呢?
即gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o fin.gro -dump xxx(提取最后一帧的gro文件)
gmx grompp -f cont.mdp -c fin.gro -t md.cpt -p topol.top -o cont.tpr
最后再提交cont.tpr任务

可能这个问题最本质的就是cpt文件记录的断点和xtc输出的最后一帧是不是一定一样呢?谢谢卢老师~

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发表于 Post on 2025-3-4 17:29:18 | 只看该作者 Only view this author
JillW 发表于 2025-3-4 17:05
请问卢老师,如果是运行的中途人为地把任务中止了(因为想修改输出频率),能否使用当前最后一帧的gro文 ...

取决于写入频率。cpt默认每隔15分钟写入一次,所以中途断掉的话,有一部分已经跑过的轨迹需要重新跑,但默认情况下顶多浪费15分钟

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发表于 Post on 2025-3-4 17:53:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-4 17:29
取决于写入频率。cpt默认每隔15分钟写入一次,所以中途断掉的话,有一部分已经跑过的轨迹需要重新跑,但 ...

但是这样的话就无法知道是从哪一帧开始续算的了吗

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发表于 Post on 2025-3-4 19:51:38 | 只看该作者 Only view this author
JillW 发表于 2025-3-4 17:53
但是这样的话就无法知道是从哪一帧开始续算的了吗

本来就无所谓。轨迹文件里有时间信息,比如你用trjcat合并轨迹的时候会把时间相同的帧合并
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-3-4 20:35:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-4 19:51
本来就无所谓。轨迹文件里有时间信息,比如你用trjcat合并轨迹的时候会把时间相同的帧合并

哦哦~明白啦!谢谢老师

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