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[CP2K] 关于Pt(111)面水分解的过渡态优化问题

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请问老师,我使用2023.2版CP2K对Pt(111)面上H2O分解为H和OH的过程做过渡态分析。Pt一共设置了3层原子,冻结了下面两层原子,k点设为331。周期性设置XY。开启smearing。使用了D3色散矫正。为节约时间,Pt使用SZV-MOLOPT-SR-GTH-q18基组,H和O使用DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q6基组,CUTOFF为300,REL_CUTOFF为35。使用sobNEB产生9个插值点。使用81核并行,每个任务分配9个核心。相关文件见附件。目前已经运行了201步仍然没有完成。感觉这个结构应该不复杂,但是任务迟迟没有结束,目前卡在201步。请各位老师看看我的输入文件是有什么问题吗?(运行过程中产生的文件较多,无法全部上传,我上传了产生文件名的txt文档,如果需要某个文件我再单独上传)

BAND.txt

568 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3

traj.xyz

24.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

2.xyz

2.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

3.xyz

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4.xyz

2.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

6.xyz

2.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

7.xyz

2.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

8.xyz

2.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

A_opted.xyz

2.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

B_opted.xyz

2.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

NEB.inp

8.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 10

NEB.out

205.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

TS_guess.xyz

2.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

运行过程中产生的文件.txt

5.58 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

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发表于 Post on 2025-5-2 12:30:25 | 只看该作者 Only view this author
基于.ener文件,用origin、grace之类画成类似北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/KFP)里面下面这个例子的图,便于监控各个image的能量变化趋势。如果后期还在基本上单调变化,没有严重震荡,就继续跑。NEB几百步才收敛是家常便饭




输入文件没明显问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-2 13:31:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-2 12:30
基于.ener文件,用origin、grace之类画成类似北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/K ...

好的,谢谢sob老师,我对.ener文件中的能量绘制了能量趋势的图,发现所有点的能量基本还在缓慢降低,那我再延长时间多跑一段时间

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-2 14:10:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-2 12:30
基于.ener文件,用origin、grace之类画成类似北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/K ...

老师还想请教一下,目前我这个模型使用81核已经跑了一天半,这个时间正常吗?因为看到您培训课上的例子都是几个小时内就可以跑完

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发表于 Post on 2025-5-2 21:17:35 | 只看该作者 Only view this author
spinel 发表于 2025-5-2 14:10
老师还想请教一下,目前我这个模型使用81核已经跑了一天半,这个时间正常吗?因为看到您培训课上的例子都 ...

没必然问题
体系大、NEB收敛慢(和NEB计算参数、初猜插点的理想程度有关)、NEB每一步SCF需要迭代次数较多、CPU性能弱、用的理论方法或CUTOFF等设定昂贵,等等,都会导致耗时高
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-2 21:21:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-2 21:17
没必然问题
体系大、NEB收敛慢(和NEB计算参数、初猜插点的理想程度有关)、NEB每一步SCF需要迭代次数较 ...

好的,谢谢老师解答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-4 00:28:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-2 12:30
基于.ener文件,用origin、grace之类画成类似北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/K ...

老师,我根据ener文件,绘制了能量随step变化的折线图,前期部分点能量还有震荡,100步以后,插值点的能量基本都在持续下降,但是所有插值点的能量都低于左右两端A_opted和B_opted结构的能量,这种情况是不是过渡态优化出问题了呢?

202505040027374842..png (181.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

202505040027374842..png

202505040027171565..png (94.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

202505040027171565..png

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发表于 Post on 2025-5-4 04:05:22 | 只看该作者 Only view this author
spinel 发表于 2025-5-4 00:28
老师,我根据ener文件,绘制了能量随step变化的折线图,前期部分点能量还有震荡,100步以后,插值点的能 ...

把当前步NEB各个点的能量绘制成折线图,结合当前步NEB轨迹观看便知
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