求助：amber 使用align命令改变对应残基的坐标

molly85

我想利用align命令对齐一下我的单体lig结构。
这是我的in文件：
parm lig_aligned_8C_frame.pdb
trajin lig_aligned_8C_frame.pdb
reference com_aligned_1C_frame.pdb :430-443@CA,C,N,O [ref]
align ref com_aligned_1C_frame.pdb :430-443@CA,C,N,O
trajouts5_apo_id_aligned_2C_frame.pdb
其中com是复合物，lig是单体，复合物中的对应lig的部分的残基序号是430-443，lig残基序号是1-14。但是一直会有这个问题

ACTION SETUP FOR PARM 'lig_aligned_8C_1.pdb' (1 actions):
  0: [align ref com_aligned_1C_1.pdb :430-443@CA,C,N,O]
Warning: Select residues: res 1 out of range (430 > 14)
    Target mask: [:430-443@CA,C,N,O](0)
Warning: No atoms in mask ':430-443@CA,C,N,O'.
Warning: Setup incomplete for [align]: Skipping
Warning: No PDB space group specified.

Serious

1）“Warning: Select residues: res 1 out of range (430 > 14)”；
2）使用cpptraj的话，trajin和reference是同样的结构就不会报错，毕竟是按照atom mask拎坐标出来；按照你的需要“对齐lig”：可以把com中lig部分提出来，残基序号不清楚要不要改（430-443 -> 1-14），再rms试试；

molly85

Serious 发表于 2024-7-3 10:11
1）“Warning: Select residues: res 1 out of range (430 > 14)”；
2）使用cpptraj的话，trajin和refere ...

谢谢哦，不过修改残基序号的方法没找到，我担心会对文件格式做出改变，就尝试对命令做出了调整。现在是可以的。
parm lig_aligned_8C_frame.pdb
trajin lig_aligned_8C_frame.pdb
parm com_aligned_num1C_frame.pdb
reference com_aligned_num1C_frame.pdb parmindex 1 range 430-443
align :1-14@CA,C,N,O reference :430-443@CA,C,N,O
trajout s5_apo_id_aligned_num2C_frame.pdb
run

Serious

molly85 发表于 2024-7-3 10:51
谢谢哦，不过修改残基序号的方法没找到，我担心会对文件格式做出改变，就尝试对命令做出了调整。现在是可 ...

1）你的方法也是极好的；本质上就是提取相应坐标、保持相同维度；