CHARMM-GUI生成的文件夹之后怎么用gromacs模拟

shanwo

各位大佬，我在做一个膜蛋白体系的模拟，用CHARMM-GUI生成了文件夹，里面的gromacs文件夹有一个readme文件，里面的教程命令是这样的：
#!/bin/bash

# Equilibration
init="step5_input"
rest_prefix="step5_input"
mini_prefix="step6.0_minimization"
equi_prefix="step6.%d_equilibration"
prod_prefix="step7_production"
prod_step="step7"

cnt=1
cntmax=6

while [ $cnt -le $cntmax ]
do
    pcnt=$(($cnt - 1))
    istep=$(printf "$equi_prefix" $cnt)
    if [ $cnt -eq 1 ]; then
        pstep=$mini_prefix
    else
        pstep=$(printf "$equi_prefix" $pcnt)
    fi

    gmx grompp -f ${istep}.mdp -o ${istep}.tpr -c ${pstep}.gro -r ${rest_prefix}.gro -p topol.top -n index.ndx
    gmx mdrun -v -deffnm ${istep}

    cnt=$(($cnt + 1))
done

我打包好的sh文件运行总是报错：


Error in user input:Invalid input values  In option s    Required option was not provided, and the default file 'topol' does not    exist or is not accessible.    The following extensions were tried to complete the file name:      .tpr


和



Error in user input:
Invalid command-line options
  In command-line option -c
    File 'step6.5_equilibration.gro' does not exist or is not accessible.
    The file could not be opened.
      Reason: No such file or directory
      (call to fopen() returned error code 2)

Biny

关于第一个问题，我也遇到了，参考GROMACS Tutorials的命令，我发现平衡和模拟过程的命名是不含有-v的，所以我就删掉了，删掉之后可以正常允运行，没有报错

student0618

看上去minimization時出问题了，导致后来跑不了。
检查一下最后跑到的Log (step6.0_minimization.log)，大概会见到很多warnings。
也用例如VMD检查stepxxx.pdb，那些是出错前的座标。

HNUST

readme是一个脚本

CrysW555

可以把能量最小化的log发出来看一看

许正东

HNUST 发表于 2024-12-14 18:41
readme是一个脚本

请问readme脚本怎么运行呢？

HNUST

许正东 发表于 2025-8-19 15:56
请问readme脚本怎么运行呢？

csh README
要修改一点点代码

许正东

HNUST 发表于 2025-8-19 16:12
csh README
要修改一点点代码

收到，老师。我发现deepseek也可以讲csh改为bash文件