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[GROMACS] 原子间距离分布计算结果中的纵坐标Probability应该怎么解释

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本帖最后由 Ashinzy 于 2025-3-4 13:02 编辑

gmx distance -s md.tpr -f md400.xtc -select 'com of group E700_CA plus com of group U49_P' -n index.ndx -oh -len 0.7 -tol 0.6 -binw 0.05

请问用这个命令计算出来的展示原子间距离分布的xvg文件中的纵坐标Probability应该怎么向审稿人解释呀?如果是概率分布的话为什么range不是0-1呢?
xvg文件如图:

distance.png (11.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

distance.png

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发表于 Post on 2025-3-4 14:06:02 | 只看该作者 Only view this author
这个纵坐标是不是应该叫"概率密度"呀 这个曲线下面积才是1吧

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-4 14:10:33 | 只看该作者 Only view this author
xyan11 发表于 2025-3-4 14:06
这个纵坐标是不是应该叫"概率密度"呀 这个曲线下面积才是1吧

懂了懂了,太感谢啦

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