ms中建模，lammps加载后元素种类变了

kishin

最近才接触lammps，很多基础不太明白，我是参考这篇
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... ypeid%26typeid%3D29
不过是在ms里建模，使用vmd导出成data文件，data文件里是这样的：
Masses
1 12.011000 # C
2 18.997999 # F
3 14.007000 # N
4 15.999000 # O
然后输入文件里我这样写的：
pair_coeff            * * ../ff/CHOSFCIN.ff C F N O
我理解的是pair_coeff 后元素种类的顺序和data中的元素种类顺序一致，然后每种元素的符号是按照力场文件里对符号的定义来的。我只改了这两个地方，是不是有别的地方需要改？

运行后查看轨迹时发现结构有一大堆氢，完全不含氟，我不太明白为什么氟会变成氢，并且程序也没报错什么的（只不过在升温后出现了原子丢失然后停了）
力场文件是使用的https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp406248m 的附录2的文件。看起来力场文件有问题的概率比较大？输出日志中在读取了pair coeff后输出了一句警告：
pair_coeff            * * ../ff/CHOSFCIN.ff C F N O
WARNING: Changed valency_val to valency_boc for F (../reaxff_ffield.cpp:296)
但是力场文件有问题会让氟元素直接变成氢元素吗？不太确定究竟是力场文件的问题还是我的输入设置有问题，希望大家能够教教，

xyan11

ReaxFF模拟开始后升大高温丢原子的最可能的原因是 LAMMPS输入文件里的单位用的不是real ReaxFF在LAMMPS里默认单位是real

pair_coeff这个写法是没问题的

H原子和F原子的问题建议检查以下内容：
1.LAMMPS的输入文件里有没有dump_modify element命令，如果有是不是把F写成了H；
2.截取一帧轨迹文件检查一下 是不是轨迹文件里的元素错了；
3.你的轨迹可视化的软件是不是默认F原子的颜色大小和H原子差不多。