求助：MCPB建模后tleap报错

kexin · 发表于 Post on 2023-2-11 10:32:53

各位老师好，我用MCPB.py对过渡金属有机物建模之后得到相应的tleap.in文件（图1），执行tleap -s -f text.in ＞ text.out 命令出现报错（图2），请问是什么原因呢？这种情况是需要对tleap.in文件进行修改吗？感谢各位的解答~

casea · 发表于 Post on 2023-2-11 10:43:56

报错已经给出了提示，你的bond命令有错误

kexin · 发表于 Post on 2023-2-11 11:09:02

casea 发表于 2023-2-11 10:43
报错已经给出了提示，你的bond命令有错误

您好，我没太理解这个bond命令有错误指的是什么呢？

Kiuzz · 发表于 Post on 2023-2-11 14:28:14

bond指令是bond mol.残基序数.原子名称 mol.残基序数.原子名称，可以检查残基序数和原子名称是否正确

kexin · 发表于 Post on 2023-2-11 18:08:21

Kiuzz 发表于 2023-2-11 14:28
bond指令是bond mol.残基序数.原子名称 mol.残基序数.原子名称，可以检查残基序数和原子名称是否正确

好的，谢谢~

Acee · 发表于 Post on 2023-2-12 09:03:58

都什么年头了还在用mcpb.py，sobtop不比这好用一万倍吗

Kalinite · 发表于 Post on 2023-2-13 11:11:15

Acee 发表于 2023-2-12 09:03
都什么年头了还在用mcpb.py，sobtop不比这好用一万倍吗

有没有可能是“forced by boss”

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