用abf方法是否可以计算环肽纳米管外的自由能

zhaoxin · 发表于 Post on 2017-7-20 22:30:24

请问，在namd中，是否可以利用abf的方法计算客体分子在环肽纳米管外的自由能，我只遇到过客体分子在管内的情况。我试了下，但得到的PMF曲线并不对称，如下图，不知道是根本就不能这样做，还是因为外侧有许多的侧链，是因为侧链的伸展，还有有其他原因呢？做的方法：是将客体分子放在管外侧（比侧链远的位置），沿着z轴将客体分子分别固定，得到初始结构，然后利用abf方法就算自由能。烦请大家指导帮助。

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-7-20 23:35:33

你的描述不清楚，我假定你是用distanceZ做反应坐标的，你的问题和这个贴中的一样
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... &extra=page%3D1

建议你约束肽纳米管的位置，用distanceZ和distanceXY做二维自由能计算，注意使用onesitetotalforce让力只施加在客体分子上

zhaoxin · 发表于 Post on 2017-7-21 17:38:28

fhh2626 发表于 2017-7-20 23:35
你的描述不清楚，我假定你是用distanceZ做反应坐标的，你的问题和这个贴中的一样
http://bbs.keinsci.com/ ...

我是用distanceZ做反应坐标的，只有客体分子在管外侧，我是将客体分子的xy坐标固定不变，只是变动z坐标，您说的约束纳米管的位置，是给纳米管一个谐振力吗？还有是关于distanceXY的部分，看文献J. Phys. Chem. C, 2016, 120 (34), pp 19479–19486 中关于怎么样做二维自由能的部分我看的不是很明白。不知道你能否说的详细点呢，麻烦您了

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-7-22 15:23:09

zhaoxin 发表于 2017-7-21 17:38
我是用distanceZ做反应坐标的，只有客体分子在管外侧，我是将客体分子的xy坐标固定不变，只是变动z坐标， ...

客体分子的xy不要固定，另作为一个维度

纳米管的骨架用harmonic restraint约束住，但是侧链不要约束

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[NAMD] 用abf方法是否可以计算环肽纳米管外的自由能

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