VMD运行脚本计算量大未响应

12342234 · 发表于 Post on 2021-3-17 10:50:44

本帖最后由 12342234 于 2021-3-18 14:40 编辑

请教论坛各位老师一个问题，就是我根据sob老师关于MSD给别人的解释编写了一个根据步长统计部分原子MSD的脚本运行过程中发现总会未响应多次研究后发现循环步长取某个特定值或10以内循环时还能跑出来大了就一直未响应不知各位老师是否有遇见这个问题可否解决呢 ps 计算次数为1000*1000*50

这个脚本跑得比较慢 1000帧80个原子的话服务器上60核大概40分钟自己的电脑大概在2.2h左右

snljty · 发表于 Post on 2021-3-17 11:16:38

可否贴上来看看？

Lacrimosa · 发表于 Post on 2021-3-17 12:08:17

运算量太大计算速度慢就这样

12342234 · 发表于 Post on 2021-3-17 14:06:59

Lacrimosa 发表于 2021-3-17 12:08
运算量太大计算速度慢就这样

是的我放那没管他现在回来居然还是出结果了....谢谢您的回复

12342234 · 发表于 Post on 2021-3-17 14:08:03

snljty 发表于 2021-3-17 11:16
可否贴上来看看？

没管他搁那算了好久居然算出来了

...谢谢您的回复

snljty · 发表于 Post on 2021-3-17 14:47:20

12342234 发表于 2021-3-17 14:08
没管他搁那算了好久居然算出来了...谢谢您的回复

我没明白你的意思，你是指的调用了VMD里面内置的RMSD Calculator的函数，还是自己从头写了一个？要是后者，直接写是个O(N^2)复杂度的算法，要利用fft来写一个O(NlogN)的算法。

12342234 · 发表于 Post on 2021-3-17 15:37:41

snljty 发表于 2021-3-17 14:47
我没明白你的意思，你是指的调用了VMD里面内置的RMSD Calculator的函数，还是自己从头写了一个？要是后者 ...

应该是后者但是您说的算法方面的我并不懂....我贴上附件了麻烦您帮我看一下

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-18 05:32:21

由于tcl脚本运行速度慢，但凡统计较大体系较多帧的轨迹，总要在脚本里加上显示进度的语句

snljty · 发表于 Post on 2021-3-18 09:51:13

12342234 发表于 2021-3-17 15:37
应该是后者但是您说的算法方面的我并不懂....我贴上附件了麻烦您帮我看一下

要么用VMD自带的RMSD Tools，设置选区来统计即可。如果自己写，能忍受慢的话就按卢老师说的加一句提示进度，比如在你的最后一个循环里加一句

puts -nonewline [format " Calculating t = %04d ...\r" $t]

复制代码

，要么换别的语言统计。如果要用fft（快速傅里叶变换）算法计算MSD，可以参考这个问题。https://stackoverflow.com/questi ... sing-python-and-fft

12342234 · 发表于 Post on 2021-3-18 14:34:04

snljty 发表于 2021-3-18 09:51
要么用VMD自带的RMSD Tools，设置选区来统计即可。如果自己写，能忍受慢的话就按卢老师说的加一句提示进 ...

好的明白了您讲得很详细非常感谢您的解答顺便把我想要问sob老师关于进程的问题都回答了感谢您~

黄舒伟 · 发表于 Post on 2022-2-20 16:57:18

snljty 发表于 2021-3-18 09:51
要么用VMD自带的RMSD Tools，设置选区来统计即可。如果自己写，能忍受慢的话就按卢老师说的加一句提示进 ...

您好，请问你这里显示进度的脚本是不是少了什么呢？我放入TCL脚本里面它提示没有定义t参数。

12342234 · 发表于 Post on 2022-2-20 21:44:58

黄舒伟发表于 2022-2-20 16:57
您好，请问你这里显示进度的脚本是不是少了什么呢？我放入TCL脚本里面它提示没有定义t参数。

t是脚本里面循环里面的变量你换成你的就好了
for {set t 1} {$t <1000} {incr t} {
......
}

丁越 · 发表于 Post on 2022-2-21 11:21:41

snljty 发表于 2021-3-18 09:51
要么用VMD自带的RMSD Tools，设置选区来统计即可。如果自己写，能忍受慢的话就按卢老师说的加一句提示进 ...

请问一下\r的作用是什么呢？我看对该词解释是Carriage return (0xd)，但是不太理解具体含义

snljty · 发表于 Post on 2022-2-22 11:38:33

丁越发表于 2022-2-21 11:21
请问一下\r的作用是什么呢？我看对该词解释是Carriage return (0xd)，但是不太理解具体含义

回车符号和换行符
机械打字机暂且不提，对于现代PC硬盘上的文本文件，Windows/DOS换行符是\r\n，OS X是\r，Linux/UNIX是\n。对于终端，至少目前我接触过的，换新行都是\n，从而\r的含义被保留为切换光标到行首。所以如果你输出aaaa不换行，再输出\r回到行首，再输出bb不换行，那这行的前两个aa就会被替换掉，屏幕上显示就会是bbaa。

丁越 · 发表于 Post on 2022-2-22 22:04:49

snljty 发表于 2022-2-22 11:38
回车符号和换行符
机械打字机暂且不提，对于现代PC硬盘上的文本文件，Windows/DOS换行符是\r\n，OS X是\ ...

谢谢，学习了

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