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[GROMACS] gromacs+amber计算配体与蛋白的GBSA稳定性较差什么原因

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楼主
大家好,我是采用gromcas跑动力学,转化轨迹文件,再用AmberTools计算MMGBSA,测试了3个不同体系配体与蛋白的GBSA。
发现相同体系,相同模拟时间(5ns和10ns两个时长),分别模拟三次。相同体系相同时长三次的结果相差较大(例:范围-41—-50kcal/mol左右的差异)。
想了解一下,这是因为这种方法就存在这样的现象,是合理的?还是我模拟的过程存在问题?还是需要添加一些特别的限制?



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发表于 Post on 2022-2-21 20:04:14 | 只看该作者 Only view this author
分子动力学模拟的重现性本来就差,此文提了
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88
这不叫稳定性较差,而叫重现性较差

如果每次都是随机初速度、都是用体系已经平衡后的轨迹做MMGBSA,可以取多次计算结果的平均。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-22 09:11:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-21 20:04
分子动力学模拟的重现性本来就差,此文提了
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88 ...

好的,谢谢sob老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-22 17:36:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-21 20:04
分子动力学模拟的重现性本来就差,此文提了
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88 ...

sob老师还有个问题。我用GMX跑动力学,大概20ns以后,体系就会乱掉,蛋白配体解离或者蛋白漂移一样。
我之前用过AMBER跑动力学,基本上不会出现这种情况。这主要是两种模拟方法的浮点精度不同吗?还是其他原因?

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发表于 Post on 2022-2-22 19:41:55 | 只看该作者 Only view this author
chengb917 发表于 2022-2-22 17:36
sob老师还有个问题。我用GMX跑动力学,大概20ns以后,体系就会乱掉,蛋白配体解离或者蛋白漂移一样。
我 ...

跟程序本身没直接关系
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