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[其它程序] cif文件计算MOF时ASA为0是什么情况

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本帖最后由 titi 于 2025-4-11 12:27 编辑

各位老师,通过ccdc下载的cif文件在计算MOF时会出现PLD和LCD偏小的情况,导致ASA为0,这种情况应该怎么解决呢

微信图片_20250411121900.png (39.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

微信图片_20250411121900.png

微信图片_20250411121855.png (10.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

微信图片_20250411121855.png

5-HKUST-1.cif

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这是cif文件

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发表于 Post on 2025-4-11 12:45:13 | 只看该作者 Only view this author
孔内的溶剂分子没有去掉,把孔填满了,可不是可及表面积为0了吗

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发表于 Post on 2025-4-11 13:56:26 | 只看该作者 Only view this author
每次提问时必须把问题描述完整,自觉交代用什么程序算的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-11 14:21:23 | 只看该作者 Only view this author
睡觉不打鼾 发表于 2025-4-11 12:45
孔内的溶剂分子没有去掉,把孔填满了,可不是可及表面积为0了吗

好的谢谢您的解答。那怎样把孔内溶剂分子去掉呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-11 14:22:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-11 13:56
每次提问时必须把问题描述完整,自觉交代用什么程序算的

好的,谢谢您的提醒是用zeo++软件计算的

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发表于 Post on 2025-4-11 17:20:31 | 只看该作者 Only view this author
titi 发表于 2025-4-11 14:21
好的谢谢您的解答。那怎样把孔内溶剂分子去掉呢,

随便找个建模软件删掉多余的原子再导出成cif就行,ms就ok

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