关于LDA与GGA的问题。【纯新手求助】

didi_dudu

  读文献时候发现文章计算时候一般就提及用LDA或者GGA赝势，而VASP中的POT里面确实LDA和GGA只有一个对应元素的赝势。
  我尝试学的软件是quantum-espresso。这里面调用的赝势是这样的。 ，目前知道pbe的都是GGA，而pz都是LDA

我想问下这里面哪个是对应VASP里面POT中的LDA和GGA的呢？  
=================================
ps： 有人用xcrysden么？xcrysden显示espresso输入文件的时候怎么实现多周期显示呢？
pps：multiwfn可以显示espresso输入输出文件么？

卡开发发

vasp里面芯电子处理也有两种，一种是超软一种是PAW，rrkjus应该对应的是超软，kjpaw应该是PAW的，其他的还得查，不过这些在PWSCF的主页有个赝势下载的页面都能找到点信息http://www.quantum-espresso.org/pseudopotentials/，缺哪个下载哪个。不过糟糕的是可能会遇到凑不齐一套赝势的情况，但支持赝势混合使用。。具体是那种可以从对应泛函的名称来了解，比如pz、pw、vwn应该就是LDA的，而pbe、p91、blyp就是gga的，这些泛函标识一般而言指的应该是赝势是针对各自的泛函全电子计算的结果进行优化的。

PS：Xcrysden太难编译以至于我一直没有去使用PWscf
PPS:multiwfn目前应该还不行吧，据说Sob前辈们可能准备研发

万里云

执行菜单"Modify" -> "Number of Units Drawn"

sobereva

如今太忙，暂时还抽不出时间让multiwfn支持第一性程序。
有可能先尝试让Multiwfn支持Crystal，毕竟都是高斯函数，弄起来相对容易。

didi_dudu

万里云 发表于 2015-6-19 22:14
执行菜单"Modify" -> "Number of Units Drawn"

太感谢了！

didi_dudu

卡开发发 发表于 2015-6-19 19:40
vasp里面芯电子处理也有两种，一种是超软一种是PAW，rrkjus应该对应的是超软，kjpaw应该是PAW的，其他的还 ...

谢谢！又有一个问题想请教您一下。我在看espresso中算Si能带的例子，里面指定k点的这部分是什么意思呢？
ATOMIC_POSITIONS
Si 0.00 0.00 0.00
Si 0.25 0.25 0.25
K_POINTS tpiba_b
  5
   L 20
   gG 20
X 0
   1.0 1.0 0.0 30
   gG  1
==================
我的理解是X 代表特殊对称点X点，30是在周围取30个点的意思？gG是什么意思我就实在是没头绪了。而前面的
5
  L 20 也很迷茫不知到是什么意思。用Si的输入文件可以直接算出Si的能带。然而我想将类似方法应用到AlN上就不知该怎么弄了。。。。。。。
谢谢！
=========================
PS， xcrysden我尝试在windows下安装没有成功。。不过在linux系统下按照手册很轻松就全搞定了。

didi_dudu

sobereva 发表于 2015-6-19 23:48
如今太忙，暂时还抽不出时间让multiwfn支持第一性程序。
有可能先尝试让Multiwfn支持Crystal，毕竟都是高 ...

Sob大神加油！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！

卡开发发

didi_dudu 发表于 2015-6-20 22:11
谢谢！又有一个问题想请教您一下。我在看espresso中算Si能带的例子，里面指定k点的这部分是什么意思呢？
...

这种设置方法我也没见过，PWscf我是不怎么用的，具体细节@万里云 兄台应该比我清楚。个人认为不妨就按照一般的设置方法，给出BZ高对称点坐标即可，最多在给出每个高对称点周围需要插几个点，这些例子很容易搜到。

万里云

didi_dudu 发表于 2015-6-20 22:11
谢谢！又有一个问题想请教您一下。我在看espresso中算Si能带的例子，里面指定k点的这部分是什么意思呢？
...

K_POINTS {tpi_b}中的tpi表示原子坐标是笛卡尔坐标，单位长度是2*pi/alat，后缀b表示在高对称点间插入K点，等价于VASP KPOINTS里的line mode。

其实tpi_b用的不多，更多的是crystal_b，也就是分数坐标+插值。

K_POINTS下面的5表示高对称点有5个。你给的这个例子中直接用高对称点标识代替了坐标，更一般的形式是这样的：

K_POINTS {crystal_b}
   6
   0.000000000   0.000000000   0.000000000  20 ! gamma
   0.500000000   0.000000000   0.000000000  20 ! X
   0.619775910   0.380643680   0.000000000  20 ! M
   0.500000000   0.500000000   0.000000000  20 ! N
   0.000000000   0.000000000   0.000000000  20 ! gamma
   0.619775910   0.380643680   0.000000000  20 ! M

前三列是高对称点分数坐标，后一列是插入的K点数，最后那个!后面的是注释。

0.000000000   0.000000000   0.000000000  20 ! gamma 表示在gamma点和下一个点(X点）间插入19个K点，加上开头的gamma点，正好20个。

didi_dudu

万里云 发表于 2015-6-21 09:43
K_POINTS {tpi_b}中的tpi表示原子坐标是笛卡尔坐标，单位长度是2*pi/alat，后缀b表示在高对称点间插入K点 ...

您好，我还有个问题想问下。我用espresso优化出的输出结果，用xcrysden显示不了全周期，xcrysden中有没有可以将坐标转换成类似输入文件那种，gamma点为坐标原点。 的转换功能呢？  我自己找了一下，，又没有找到。。。或者还有没有其他类似软件可以有这种功能的？谢谢！

万里云

didi_dudu 发表于 2015-6-24 09:30
您好，我还有个问题想问下。我用espresso优化出的输出结果，用xcrysden显示不了全周期，xcrysden中有没有 ...

据我所知，XCrySDen没有这个功能，我自己写了两个python脚本来准备输入文件和处理计算结果。
cif2cfg.py (8.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

2015-6-24 10:28 上传 Uploaded

点击下载
Click to download
准备输入文件

out2pd.py (4.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

2015-6-24 10:28 上传 Uploaded

点击下载
Click to download
处理输出结果

cif2cfg.py这个脚本读取cif文件，计算基矢坐标，平移几何中心并转换原子坐标。使用方法文件内有注释，一个例子是cif2cfg.py mos.cif mos.cfg 2 0.5，其中mos.cif是输入文件名，mos.cfg是输出文件名，2表明体系维度是2维，0.5表明将这个2维体系的几何中心z分量平移到超胞c轴中心（分数坐标等于0.5)。这个脚本现在还不能使用对称性，因此在用MS导出cif文件时必须先Make P1。

这个文件的输出是这样的
==================================================================================================
lattice constants:
      a  29.5000  55.7469
      b  25.9000  48.9439
      c  10.0000  18.8973
  alpha  90.0000   1.5708
   beta  90.0000   1.5708
  gamma  90.0000   1.5708

number of types:   2
number of atoms:  63
number of atoms for each type:
   C  43
   H  20

begin_vectors_ang
  29.500000000   0.000000000   0.000000000
   0.000000000  25.900000000   0.000000000
   0.000000000   0.000000000  10.000000000
end_vectors_ang

begin_vectors_bohr
    55.746920676     0.000000000     0.000000000
     0.000000000    48.943906627     0.000000000
     0.000000000     0.000000000    18.897261246
end_vectors_bohr

begin_coordinates_frac
..................................................
end_coordinates_ang

begin_coordinates_bohr
....................................................
end_coordinates_bohr

am-1/am11.cif
am-1/am11.cfg
0   
0.5000   
======================================================================================
lattice constants是晶格常数。如果是a,b,c，第一列单位是angstrom，第二列是bohr。如果是夹角，第一列是角度，第二列是弧度。
接下来是原子种类和个数，用于指定输入文件中的nat和ntyp。

begin_vectors_ang和begin_vectors_bohr分别是单位长度为angstrom和bohr时基矢的坐标。基矢有很多种摆法，这里的方法是让a轴与x轴重合，b轴位于xOy平面内。这里的坐标对应输入文件中的CELL_PARAMETERS。

begin_coordinates_frac，begin_coordinates_ang和begin_coordinates_bohr下面分别是平移后原子的分数坐标和两组直角坐标，对应输入文件中的ATOMIC_POSITIONS。

最后四行是命令行参数回显，专为强迫症患者设计。

out2pd.py这个脚本较为简单，负责读取优化之后的输入文件以提取坐标。用例是out2pd.py relax.in relax.out relax.pd，relax.in是优化计算输入文件，relax.out是优化计算输出文件，relax.pd是提取出的坐标文件。这个脚本暂时不支持vc-relax计算。

didi_dudu

万里云 发表于 2015-6-24 10:55
据我所知，XCrySDen没有这个功能，我自己写了两个python脚本来准备输入文件和处理计算结果。

大神我又来问问题了。
  我想得到AlN的应力-弹性常数曲线。
  我的理解是先计算应力-应变曲线，然后在对应的应变下计算弹性常数  
  quantum-espresso中有没有可以给体系施加应力以计算应变呢？
  还是应该手动给体系施加一系列应变，然后反过来计算应力？
  求指导！谢谢！

万里云

didi_dudu 发表于 2015-6-25 06:53
大神我又来问问题了。
  我想得到AlN的应力-弹性常数曲线。
  我的理解是先计算应力-应变曲线，然后在 ...

应该是手动改变晶格常数，在此晶格常数下优化原子坐标，再计算总能。

我力学已经忘得差不多了，应力是不是总能对应变一阶导数，弹性常数是二阶导数？

didi_dudu

万里云 发表于 2015-6-25 09:13
应该是手动改变晶格常数，在此晶格常数下优化原子坐标，再计算总能。

我力学已经忘得差不多了，应 ...

我也忘得差不多了。。。。。。弹性常数好像可以分为二阶弹性常数和三阶弹性常数。我正在用Elastic来计算AlN的弹性常数。 注意到输入输出里面都有个 stress关键词 。。。。但是不知道是不是这个。。。

万里云

didi_dudu 发表于 2015-6-25 17:15
我也忘得差不多了。。。。。。弹性常数好像可以分为二阶弹性常数和三阶弹性常数。我正在用Elastic来计算A ...

输入里有个tstress，指定输出应力。

还是先找篇文章，看看别人怎么算的吧。