求助-gmx重复文献模拟报错

zhouchen · 发表于 Post on 2024-5-6 14:44:09

本帖最后由 zhouchen 于 2024-5-8 15:17 编辑

大家好，我们想重复出文献“dx.doi.org/10.1021/ja1095396”，如图，当分子两端被固定的时候，分子呈现双稳态，在折叠态与解折叠态之间来回变换。
结合xtb计算出的molden文件，利用multiwfn计算RESP电荷，利用sobtop生成了小分子的top文件。然后通过
[ constraints ]
66 82 2 2.27
将Au原子与S原子之间的距离固定为22.7埃（与文献中一致）。
但是在进行gmx分子动力学模拟时，报错Too many LINCS warnings,
按照卢老师的方法一一对照更改，对于初始化结构进行opt优化，充分能量极小化，减小步长等方法，但是都不太行
然后，我把固定限制去掉了，MD就可以正常运行。
现在想求助大家，请问在有限制的情况下，怎么去成功的跑MD呢？
另外，请问大家有注意这些存在双稳态的体系的文章吗？希望可以交流一下。

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-8 07:07:18

xtb产生的molden文件里的波函数质量太糙，之后用Multiwfn计算的RESP电荷无法用于发文章目的

没有叫mulitwfn的东西

把约束改成距离限制再试

zhouchen · 发表于 Post on 2024-5-8 15:17:11

sobereva 发表于 2024-5-8 07:07
xtb产生的molden文件里的波函数质量太糙，之后用Multiwfn计算的RESP电荷无法用于发文章目的

没有叫mulit ...

明白，谢谢老师，我更正一下

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