请问用Licorice方法显示轨迹的时候键联关系不正常该怎么办？

yihanxu · 发表于 Post on 2019-3-20 11:33:58

本帖最后由 yihanxu 于 2019-3-19 21:34 编辑

老师好，大家好，用Licorice方法显示轨迹的时候键联关系不正常，有的键没有画出，如图1中的C-H与C-C键没有显示，有的距离很远的原子或离子间成键了，如图2和3。请问该怎样修改呢？谢谢。
注：图1、2是用-pbc mol修正后的轨迹的截图，图3是-pbc mol后再-pbc nojump的轨迹的截图。

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-20 11:39:05

细节交代得不充分。
如果只是想看着舒服，轨迹都不用修正，直接用dynamic bond显示，再加上一个rep用point或vdW把空心的键的两端封上口就行了

yihanxu · 发表于 Post on 2019-3-21 04:33:08

本帖最后由 yihanxu 于 2019-3-20 15:55 编辑

sobereva 发表于 2019-3-19 21:39
细节交代得不充分。
如果只是想看着舒服，轨迹都不用修正，直接用dynamic bond显示，再加上一个rep用point ...

不好意思，老师，请问用的到轨迹文件吗？我上传了。请问还需要提供哪些细节呢？

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[VMD] 请问用Licorice方法显示轨迹的时候键联关系不正常该怎么办？

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