表面吸附模型得差分电荷密度怎么做？

yiranfengbai

RT，用CASTEP模拟了Al吸附在Fe2O3（0001）面上得结构，想用差分电荷密度解释一下Al原子与表面O原子成键，但是做出来得差分电荷密度图不太好，请问应该怎么修改？
另外还有几个问题想请教一下：
1，吸附结构优化后，我用Build-Bondsp-calculate，Al原子与表面O成键了，而表面O原子与底层Fe原子断键了。我主要是想强调一下Al原子吸附后与表面O有作用，不知道用Bonds这个功能正确吗？
2，我计算了Mulliken电荷，在输出文件中读取“Atomic Populations(Mulliken)”下面得结果。Al的Charge为1.31,spin 为0.23 hbar，是否就认为Al的Mulliken是1.31,磁矩是0.23 ub，Al原子失去了1.31电子呢？这样正确吗？
3，导入electron density different 后，Al原子附近没有出现电子云，这不合理啊，应该怎么弄呢？
希望得到各位老师的帮助。

yiranfengbai

我希望能得到的是表面几层原子的差分电荷图，底层固定的那些原子不想显示。

SAI

https://mp.weixin.qq.com/s?__biz ... jTT%2FelqyLDMH9A%3D

可以看看这个

yiranfengbai

SAI 发表于 2019-3-13 10:44
https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MjM5OTA2NTM3Mg==&mid=2649757679&idx=1&sn=d18859bf8e544ff92aa5301d75 ...

谢谢你的回复。这个我看过了，我就是按照这个做的。照理说，吸附的Al周围应该有电子云才对呀，但是我做出来的却没有。我也调整了color maps ，就是得不到想要的结果

卡开发发

yiranfengbai 发表于 2019-3-13 10:49
谢谢你的回复。这个我看过了，我就是按照这个做的。照理说，吸附的Al周围应该有电子云才对呀，但是我做出 ...

正常情况电荷密度差有得有失，如果设置正负按照两种颜色显示应当显示两种颜色的等值面。你的负值部分没显示，要么是没指定显示，要么是等值面的取值不合适导致无法显示，Al附近的密度变化如果是负的自然就没显示了。还有，勾选了Use Atomic Densities的话可能是算的变形电荷密度，我记得不是很清楚你可以看下手册。

yiranfengbai

卡开发发 发表于 2019-3-13 11:56
正常情况电荷密度差有得有失，如果设置正负按照两种颜色显示应当显示两种颜色的等值面。你的负值部分没显 ...

老师，您看这个图，我调整了color maps，在 -0.06875到-0.01875这段会显示Al周围的电子云，我又做了截面的图，总感觉很奇怪。

yiranfengbai

老师，我主要想得到类似这种的图

卡开发发

yiranfengbai 发表于 2019-3-13 15:13
老师，我主要想得到类似这种的图

你要的这个图应该是勾选显示isosurface，然后去到display style-isosurface里面去调整等值面的值，得把显示的选项（具体叫啥选项我不太记得了，你得找找，也是在isosurface的选项卡）改成+/-才会正负值都显示。

网格直接填色也可以，但是色彩范围这些也得调整到合适看起来才比较舒服，最好是能够让颜色随着值变化稍微敏感些，否则就像现在这样一片黄。

yiranfengbai

卡开发发 发表于 2019-3-13 15:55
你要的这个图应该是勾选显示isosurface，然后去到display style-isosurface里面去调整等值面的值，得把显 ...

谢谢老师，我改成+/-之后显示正常了。现在还有个问题，怎么只显示上面几个原子或者单独显示一个原子，底下其他的不显示呢？

卡开发发

yiranfengbai 发表于 2019-3-13 16:02
谢谢老师，我改成+/-之后显示正常了。现在还有个问题，怎么只显示上面几个原子或者单独显示一个原子，底 ...

这种边界比较简单的情况我觉得可能是到display style下面的field选项卡，然后把range从[0,1]改成[0.x,1]，具体取多少就看你自己了。

yiranfengbai

卡开发发 发表于 2019-3-13 19:51
这种边界比较简单的情况我觉得可能是到display style下面的field选项卡，然后把range从[0,1]改成[0.x,1] ...

谢谢老师，这个问题终于解决了，十分感谢。老师，还有1 和2 这两个问题，希望您能给点建议。

卡开发发

yiranfengbai 发表于 2019-3-14 10:26
谢谢老师，这个问题终于解决了，十分感谢。老师，还有1 和2 这两个问题，希望您能给点建议。

1、可以参考http://sobereva.com/414，对于CASTEP我认为可以看键级（不过我不知道CASTEP是用的哪种键级），也可以通过ELF和你已经做了的变形密度来看。
2、说法上没问题，但不同的布居分析给出的结果确实会有些许差异，最好看下CASTEP那个hbar的单位到底是怎么定义的。

yiranfengbai

卡开发发 发表于 2019-3-14 11:49
1、可以参考http://sobereva.com/414，对于CASTEP我认为可以看键级（不过我不知道CASTEP是用的哪种键级） ...

谢谢老师的指导