请问粗粒化可以模拟氨基酸的质子化过程吗？

青青青 · 发表于 Post on 2019-2-28 11:39:29

各位老师好，我目前想做一个带组氨酸的多肽在不同pH环境(中性及酸性)下的模拟，请问：
一、粗粒化模拟可以将氢离子加入水中以模拟不同的pH吗？
二、组氨酸在酸性环境下的质子化过程可以模拟实现吗？
如果粗粒化不能的话，请问全原子力场可以做吗？感谢您的解答！

k64_cc · 发表于 Post on 2019-2-28 13:44:01

不行
可以
不行

sobereva · 发表于 Post on 2019-2-28 14:34:31

本来当前问题就没有任何使用粗粒化的必要性，全原子尚且不好模拟或者没法模拟（非时间尺度问题）的情况用粗粒化显然更不行

1 连全原子都不行。H+的浓度太低。一般都是通过在模拟前设定质子化态来体现pH，至多是通过Amber的constant PH来描述，此时需要结合隐式溶剂模型

2 普通经典力场没法描述键的形成过程

青青青 · 发表于 Post on 2019-2-28 16:54:02

sobereva 发表于 2019-2-28 14:34
本来当前问题就没有任何使用粗粒化的必要性，全原子尚且不好模拟或者没法模拟（非时间尺度问题）的情况用粗 ...

明白了，感谢sob老师！

青青青 · 发表于 Post on 2019-3-11 21:12:54

本帖最后由青青青于 2019-3-11 21:23 编辑

sobereva 发表于 2019-2-28 14:34
本来当前问题就没有任何使用粗粒化的必要性，全原子尚且不好模拟或者没法模拟（非时间尺度问题）的情况用粗 ...

老师，请问您说的氢离子浓度太低我没太明白，那再水盒子里多加一些氢离子呢？可以实现具体的ph值吗？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-12 05:13:57

青青青发表于 2019-3-11 21:12
老师，请问您说的氢离子浓度太低我没太明白，那再水盒子里多加一些氢离子呢？可以实现具体的ph值吗？谢谢

你先根据你要算的pH换算一下你要模拟的体系里大概能有多少H+，一般蛋白质所处的pH环境下H+的浓度是非常低的，首先没法期望这么去表现H+能体现出什么实际效果
而且就算放了H+（具体来说应当是水合氢离子），它本身所能表现出的效果也并不完整，原因如前所示。所以没有人这么干

青青青 · 发表于 Post on 2019-3-12 09:38:34

sobereva 发表于 2019-3-12 05:13
你先根据你要算的pH换算一下你要模拟的体系里大概能有多少H+，一般蛋白质所处的pH环境下H+的浓度是非常低 ...

嗯嗯，明白了，谢谢老师。祝您工作顺利，生活愉快！！！

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[粗粒化/DPD] 请问粗粒化可以模拟氨基酸的质子化过程吗？

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