如何用PMF和BAR计算自由能？

晴天 · 发表于 Post on 2018-12-18 23:47:49

老师好，我最近在研究用PMF计算气相反应自由能和用BAR计算汽化自由能，请问能提供一些指导吗？

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-12-19 00:19:10

这完全是不相干的两个东西
PMF是自由能沿反应坐标变化的曲线，计算PMF需要用重要性采样算法，比如伞状采样或者ABF，我有一个帖子介绍了在NAMD中使用ABF计算PMF的方法
BAR是对FEP结果进行后处理的方法，FEP是计算两个状态自由能差的算法，用FEP算气化自由能(溶解自由能？)需要构建热力学循环，NAMD的官方教程中有一个类似的例子

晴天 · 发表于 Post on 2018-12-19 19:53:18

谢谢老师指导，我搜了您说的用FEP算汽化自由能的例子没有搜到，老师能帮忙发个链接吗？

jackie · 发表于 Post on 2019-2-8 18:19:51

这是Gromacs中计算free energy的教程，一起学习一下。http://www.mdtutorials.com/gmx/free_energy/index.html

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[综合交流] 如何用PMF和BAR计算自由能？

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