同步辐射XAFS相关初步资料

zhanfei

文章中偶会涉及这方面，把初步的资料整理下发个帖子，后续偶尔也会更新编辑
首先必须是xafs.org 这个网站必须看的资料全 还有xafs相关的技术数据和xafs相关文章的数据库（虽然这个文章数据库不好用）
入门来说这个网站上面的workshop和教程都非常好http://xafs.org/Workshops   http://xafs.org/Tutorials
着重提出几个
xafs for everyone  calin写的非常详细以及通俗易懂，可惜以exafs为主，涉及到xanes都是经验性的分析方法
slac的讲习班  很多年份的比如www-conf.slac.stanford.edu/smbxas-ss/2010/talkswww.anorg.chem.uu.nl/people/staff/FrankdeGroot/woXS


中文资料（能看xafs.org中的资料还是忽略中文的）
BSRF http://www.ihep.cas.cn/dkxzz/bsrf/hezuojiaoliu/jiangxiban/
SSRF http://ssrf.sinap.ac.cn/meeting/syjs/index.htm
书籍 X射线吸收精细结构及其应用  还有另外那几本同步辐射实验技术书里面的XAFS章节 比如同步辐射应用基础 徐彭寿  同步辐射应用概论 马礼敦


涉及到的相关计算
multiple scattering 和 KKR方法联系紧密   有本 multiple scattering in solid  
还有tddft 对 软xafs 和pre edge 部分的计算   参见orca manual 虽然 newchem 也号称能做但是manual没写好也没做系统测试
主要程序
1 fdmnes  免费啊免费啊免费啊   有有限差分解方程和multiple scattering两种算法 ，还能用wein2k提供输入。如果注释不是法文的我就认为它是这方面最好的计算软件。
但是其中一般引用是因为算RXS就是反常scattering，算xanes的确实不多。更新多，小更新不断偶尔大更，最近一次大更采用了稀疏求解线性方程的包速度大大提升，但是吃的内存也大大提升，（友情提示：然后包也会报一些错误，需要看包的错误提示）。
然后重点吐槽是内附教程一本是法文的！！！程序注释是法文的！！！虽然有英文的简明手册。就不能学学multiwfn 类似教程的部分写成英文。

2 feff
最经典的multiple scattering计算程序 Rehr组的。只做exafs的话可以用免费的feff6exafsonly版，网上有feff84的python项目
槽点是就一算谱的程序比wien2k还贵。

3 DEMETER
最好用的EXAFS分析软件没有之一，缺点是win7 下偶有bug，老机器请使用经典版http://xafs.org/Software/Ifeffit
http://bruceravel.github.io/demeter/

4 LARCH
如果想看EXAFS分析细节请看Larch也是推荐使用的EXAFS分析软件，比较灵活，缺点是它非得从python中独立成自己的script语言，直接做称python包多好

。。。以后待续


5  ocean  Rehr组的东西，和一个做BSE方程的组合作做的，顺便一提想用赶紧趁着免费下载了。


6  orca nwchem 因为都是tddft架构下面的就放一起的。高斯什么的当然也能做，但是高斯闭壳层时候算的相对能量就和实验差很远，开壳层直接就有bug。
    orca  tddft算轻元素L边或者边前峰，还是不错的，至少峰好归属。一旦你的谱里大部分是散射峰，估计tddft是无能为力的。有个讲习班上还说orca算的时候建议用穆斯堡尔谱专用基
  组。。。我晕内壳层都不收缩你让我怎么归属峰啊。
   nwchem就是更新上号称能做，但是手册上没写，网上有篇博士论文有提到，我是没试过，连benchmark都没有。
以后待续

riming

好东西，学习学习

biao.biao

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chem

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