溶质移动到盒子边缘问题

superrice · 发表于 Post on 2018-6-22 12:51:47

用packmol建立的盒子，将一个溶质分子充分溶解在溶剂分子中，但是在MD的过程中溶质分子逐渐就移动到盒子边缘。

请问如何设定才能让溶质一直处于盒子中心？

虔诚的人 · 发表于 Post on 2018-6-22 13:40:22

先固定注溶质，平衡溶剂，等溶剂平衡后再方法溶质，平衡体系。

superrice · 发表于 Post on 2018-6-22 16:19:53

虔诚的人发表于 2018-6-22 13:40
先固定注溶质，平衡溶剂，等溶剂平衡后再方法溶质，平衡体系。

感谢回复，我的具体步骤有：
01_能量最小化>02_升温到500K>03_在500K平衡>04_降温到300K>05_在300K平衡。
请问是在05之前都固定溶质吗？还是额外加一个步骤06，并在06之前都固定溶质？

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-22 18:14:32

溶质自发漂移是正常的事，非要保持在盒子中心就加限制势，或者对其设置消平动设定

fhh2626 · 发表于 Post on 2018-6-22 23:48:42

没有理由这么做

如果非要用这么做的话用plumed添加质心约束

superrice · 发表于 Post on 2018-6-23 09:54:19

谢谢老师们的回复

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