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楼主 Author: BB_LFJ
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[VASP] 【VASP安装】从Linux小白到vasp成功编译(centos虚拟机下安装教程)

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发表于 Post on 2018-5-5 18:56:43 | 只看该作者 Only view this author
按照教程一步一步走,在编译“fftw”的时候,configure遇到了“could not find mpi library for --enable-mpi”,这个不是个例,网上也有人在反馈用同一个帖子的方法遇到相同的问题,上一步openmpi安装没问题的,which mpif90也正常。如果不开启enable mpi,编译fftw就没有问题。。

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发表于 Post on 2018-5-18 11:10:12 | 只看该作者 Only view this author
对俺等小白来说, 好帖!!!

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发表于 Post on 2018-5-21 22:02:24 | 只看该作者 Only view this author
楼主你好,按照你的过程编译VASP,最后提示
ipo: warning #11010: file format not recognized for /opt/fftw/lib/libfftw3_mpi.la
/opt/fftw/lib/libfftw3_mpi.la: file not recognized: File format not recognized
make[2]: *** [vasp] Error 1
make[2]: Leaving directory `/tmp/vasp.5.4.1/build/std'
cp: cannot stat `vasp': No such file or directory
make[1]: *** [all] Error 1
make[1]: Leaving directory `/tmp/vasp.5.4.1/build/std'
make: *** [std] Error 2
请问这是什么原因,谢谢!

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发表于 Post on 2018-6-7 20:35:10 | 只看该作者 Only view this author
你好,我是在自己的计算机安装了VASP,也有了 incar poscar potcar kpoints 四个文件,但是在CentOs下还是不知道怎么运行。看到上面写的第五条,怎么添加VASP路径,代码是什么,然后怎么运行呢?

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发表于 Post on 2018-9-9 17:31:24 | 只看该作者 Only view this author
du19880425 发表于 2018-6-7 20:35
你好,我是在自己的计算机安装了VASP,也有了 incar poscar potcar kpoints 四个文件,但是在CentOs下还是 ...

用户根目录下的.bashrc里添加
export PATH=vasp绝对目录:$PATH
比如我的就是export PATH=home/hhm/VASP/vasp.5.4.1/bin:$PATH
设置完重新进入终端生效
键入mpirun -np 4 vasp_std >out.log &运行(4核并行)

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发表于 Post on 2018-9-10 16:43:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-6 13:55
主流的Linux发行版本没有不稳定的,Ubuntu也绝对不会比CentOS更稳定。专门用做计算服务器的,极少有用U ...

我很赞同这个观点。

Ubuntu是奔着“开箱即用”且能用于办公环境;
当然很多大陆用户是不能理解的, 因为他们认为:
文档必须也只能是doc或者docx
临时发给别人的文档永远叫做“新建Microsoft文档.doc", 或者“新建Microsoft文档.docx"
电子表格必须也只能是Excel 等等。

由于Ubuntu的定位不同,默认可能不会安装编译器。
默认的安装,可是是针对99%的硬件, 图形驱动,打印机驱动都好用。

至于用到专业计算领域,
CentOS, 或者Scientific Linux,是更适合的。

首先,有针对计算使用而创建的安装包合集, 安装的时候,选择软件包模式就可以;
其次,为了考虑到某些工作站的特殊情况,不能访问互联网,而特别提供了软件包合集。
这个时候,可以下载叫做Everything的镜像, 然后在本机yum local DVD就能搞定。
从这个角度而言,CentOS之类的,就更为便捷了。

在我个人看来,
CentOS  Ubuntu的差异, 我能用到的,
一个是rename指令语法不同;
另外当然是yum vs apt-get 了。
其他,都是一样的。 因为我不适用图形界面。

apt-get很好, 但是对于没有互联网连接的工作站或者服务器;
以及某些情况下,独有的网络异常,可能导致某些东西无法apt-get获取。

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发表于 Post on 2018-9-10 23:05:41 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hxd_yi 于 2018-9-10 23:18 编辑

CentOS是RedHat系的,其上游RedHat经过了严格的稳定性测试。Ubuntu上游是debian,社区维护开发的,单个软件拿出来可能比RedHat好用,但是组合到一起,稳定性没有保证,虽然传说Debian的stable也很stable。但是问题是如果服务器出事了,Debian没人背锅啊!而且Debian硬件支持不好。虽然我是是debian的拥趸,但是还是要实话实说。单机PC使用,debian挺好。各种软件apt一下就行。VMD、VASP都可以编译安装使用。个人学习使用VASP我是用gcc等开源的库完成的安装,只要把官网上的gcc的make.include稍稍改动一下就行。VMD根据sobereva的教程做就行,只是软件不用另外编译安装。
你说debian不能装MS?提示一下:debian的默认的shell是dash,你把默认shell改成bash就没问题了,其他安装同RedHat系。另外Ubuntu最重要的优势是易用性,其入门难度要比其他的linux发行版都低。

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发表于 Post on 2018-12-22 16:45:57 | 只看该作者 Only view this author
你好,感谢分享。我是小白,完全从0开始。请问为什么不能用CentOS7呢?没看明白。我看了看网上,现在已经是7.6了。我正在下载,打算先用虚拟机跑跑看看。

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发表于 Post on 2018-12-22 23:53:43 | 只看该作者 Only view this author
jessenju 发表于 2018-12-22 16:45
你好,感谢分享。我是小白,完全从0开始。请问为什么不能用CentOS7呢?没看明白。我看了看网上,现在已经是 ...

CentOS 7.x绝对能正常编译,倘若一个程序在最主流的CentOS下都没法正常编译,那程序根本就没几个人能用了。
只不过此贴的过程是专门针对6.x而言的
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发表于 Post on 2018-12-23 20:18:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-12-22 23:53
CentOS 7.x绝对能正常编译,倘若一个程序在最主流的CentOS下都没法正常编译,那程序根本就没几个人能用了 ...

多谢sob老师解惑,我感觉应该不至于。

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