NAMD中eABF怎么用？

xiaochenxi

NAMD中eABF怎么用？听说eABF是适用于拉固定的物质，他的步骤和ABF相同吗？请教eABF的操作步骤，谢谢

fhh2626

ABF使用必须要满足一下几个条件：
1、反应坐标的二阶导可求（自定义反应坐标通常不行）
2、算多维自由能时，各反应坐标互相正交（否则算法各部分施加的力会互相抵消）
3、体系中有约束时，约束和反应坐标正交

如果你摸不准的话，你就应该用eABF，eABF没有ABF的这些限制，并且在几乎所有的情况下收敛速度都快于ABF（和传统的Metadynamics），在我们和Jerome的论文中都提倡用eABF代替ABF

用eABF只需要在colvars输入文件里面多写几行就行了，比如
colvar {
   name AtomDistance
  
   width 0.1

   lowerboundary 10.0
   upperboundary 32.0

   lowerwallconstant 100.0
   upperwallconstant 100.0

# 加这两句
extendedlagrangian   on
# 总是等于bin width
extendedFluctuation  0.1

   distance {
      group1 {
         atomnumbers { 10 }
      }
      group2 {
         atomnumbers { 92 }
      }
   }
}


abf {
   colvars AtomDistance
   fullSamples   500
     historyfreq  2000000
# 加这一句
  writeCZARwindowfile
}

你可以跑一个metadynamics比较一下收敛速度：
metadynamics {
  colvars AtomDistance
  hillweight 0.1
  hillwidth 5
  keepFreeEnergyFiles   on
}

NAMD最初版的eABF是我写的，如果你觉得好用希望引用一下JCTC 2016 extended adaptive biasing force... 这篇文章
后来colvars的作者Jerome提出了一个新的eabf estimator，JPCB 2017 Smoothed Biasing Forces...,用eabf的话也应该引上

下一个版本的plumed（Gromacs, amber, openmm, etc...）里面也有我们加进去的eABF算法了,有相关的问题都可以@我

fhh2626

fhh2626 发表于 2018-1-31 14:41
ABF使用必须要满足一下几个条件：
1、反应坐标的二阶导可求（自定义反应坐标通常不行）
2、算多维自由能 ...

最后看xxx.czar.pmf里面的自由能和xxx.zcount里面的采样

xiaochenxi

fhh2626 发表于 2018-1-31 14:50
最后看xxx.czar.pmf里面的自由能和xxx.zcount里面的采样

谢谢，以后不会的还可以再问你吧？