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[GROMACS] 气液NPT模拟box被拉长问题

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楼主
我正在跑一个很简单的系统是长方体,一边是水(密度1)一边是甲烷(密度0.3)
我的压力设定如下:
Pcoupl                   = Parrinello-Rahman
pcoupltype               = semiisotropic
ref_p                    = 100 100
tau_p                    = 10 10
compressibility          = 4.5e-5 4.5e-5

但是边跑box的z轴一直被拉长,而且是非常大的变动,想请问有没有办法能让它变动不那么夸张?
在这步骤前我已经先跑过energy minimization和nvt让系统平衡了

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发表于 Post on 2018-1-20 16:11:40 | 只看该作者 Only view this author
索性把z方向可压缩率设成0
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-1-20 17:00:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-1-20 16:11
索性把z方向可压缩率设成0

谢谢回答, 想在请问若把可压缩率设成0除了体积外还会对这个系统有什么影响?看了手册关于compressibility的叙述还是没很懂

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发表于 Post on 2018-1-20 17:04:44 | 只看该作者 Only view this author
hogan6789 发表于 2018-1-20 17:00
谢谢回答, 想在请问若把可压缩率设成0除了体积外还会对这个系统有什么影响?看了手册关于compressibility ...

就是相当于在Z方向用了固定尺寸盒子,相当于此体系是NVT与NPT混合
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-1-20 18:36:42 | 只看该作者 Only view this author
水的密度是1000kg/m3,甲烷密度是0.656kg/m3
你现在的甲烷密度是300kg/m3,跑NPT,体积当然会变大

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