rmsf和PCA的分析怎么做？

胡姐姐

胡姐姐 发表于 2018-1-10 14:29
gmx grompp -f npt-nopr-md.mdp -c npt-pr.gro -p fws.top -o npt-nopr.tpr。  这是教程中指出的生成tpr ...

@霜晨月   您看见我的问题了么

霜晨月

胡姐姐 发表于 2018-1-10 14:29
gmx grompp -f npt-nopr-md.mdp -c npt-pr.gro -p fws.top -o npt-nopr.tpr。  这是教程中指出的生成tpr ...

你要是用gmx进行RMSF或PCA分析的话，只要pdb和trr（或xtc）就行了，不用生成tpr。但pdb和trr的原子必须一一对应。
PBC问题，指的是如果你用NAMD跑出来的dcd轨迹里面，蛋白跨越了PBC边界（VMD里面看上去，蛋白是断掉的、非常古怪的结构），你得先修正了这个问题，把蛋白变成完整的、正常的结构，然后才能用catdcd转换成trr。

fhh2626

胡姐姐 发表于 2018-1-10 13:36
那我是在算rmsf之前，先算一下整个轨迹的平均结构是吗？

最简单的办法就是载入平均结构--载入轨迹（在同一个molecule下）--点align--点rmsd--点plot

霜晨月

fhh2626 发表于 2018-1-10 23:40
最简单的办法就是载入平均结构--载入轨迹（在同一个molecule下）--点align--点rmsd--点plot

这样算出来的应该是各帧相对于平均结构的RMSD，即time series of RMSD using 平均结构 as the reference，不是楼主要的RMSF。

fhh2626

霜晨月 发表于 2018-1-11 09:34
这样算出来的应该是各帧相对于平均结构的RMSD，即time series of RMSD using 平均结构 as the reference ...

嗯，你说得对，还要再平均一次，见笑了
RMSF一般是算每个residue的振动幅度的，不是算整体的